Dynamique non linéaire et mécanique statistique d'un modèle d'ADN
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Nous étudions la dynamique et la mécanique statistique de la dénaturation thermique de l'ADN à partir d'un modèle qui peut être considéré comme une extension des modèles d'Ising. Les simulations numériques à l'équilibre thermique, avec la méthode de Nosé, montrent que, malgré sa simplicité, le modèle procure une description satisfaisante de la dynamique puisque nous avons trouvé des ouvertures fluctuantes et la formation de bulles qui gravissent et se combinent pour conduire à une dénaturation complète de la molécule. Nous avons développé la méthode des fonctions de Green pour tenir compte en détail des effets de discrétisation sur la dynamique non linéaire des breathers. La principale conclusion qui renait des résultats est que la discrétisation de la chaine peut être la raison fondamentale de la stabilité des solutions localisées en général et des breathers en particulier. Nous présentons également un mécanisme qui permettrait de créer des breathers de grande amplitude à partir de ceux de faible amplitude, facilement créés par l'énergie thermique du système. Deux méthodes complémentaires sont utilisées pour étudier la mécanique statistique du modèle. La méthode de l'intégrale de transfert met en évidence que le système présente une dénaturation thermique et que les effets de discrétisation sont suffisamment importants pour élever de manière significative la température de dénaturation. La méthode des phonons self-consistents, en tenant compte de la correction au deuxième ordre, met en relief les effets dominants de la non-linéarité dans les effets précurseurs au voisinage de la transition. De plus, une contribution importante de cette étude à la mécanique statistique est la démonstration qu'un simple système unidimensionnel avec un potentiel non linéaire de substrat et un couplage anharmonique entre plus proches voisins, peut subir une transition extrêmement étroite induite par l'entropie