Abstract FR:

Meme si habituellement les petits peptides ne possedent pas d'arrangement en solution aqueuse, certaines sequences leurs conferent une structure locale. A partir de l'analyse des deplacements chimiques mesures par spectroscopie rmn, kemmink et creighton j mol biol (1993) 234 861 detecterent dans de petits peptides en solution aqueuse extraits de la sequence du bpti la formation de structures locales mettant en jeu les residus aromatiques. Dans le peptide gly-ala-pro-tyr(i)-thr-gly-ala en solution aqueuse kemmink and creighton j mol biol (1995) 245 251 la tyrosine interagit avec le proton amide de la glycine a la position i + 2, en formant une interaction appelee aromatique(i)-amide(i + 2). Quand la proline est en conformation cis, l'anneau aromatique interagit aussi avec les atomes du squelette de l'alanine et les atomes de l'anneau de la proline en formant une interaction appelee cisproline(i-1)-aromatique(i). Afin de caracteriser dans le detail ces deux interactions au niveau atomique, nous avons etudie les unites peptidiques ala-cispro-tyr et tyr-thr-gly-pro en utilisant un grand eventail de techniques theoriques et experimentales comme l'analyse des banques de donnees tridimensionnelles, l'echantillonnage des conformations, la simulation par dynamique moleculaire, le calcul d'energie libre et la spectroscopie rmn du proton et du carbone 1 3c. L'analyse des banques de donnees et la recherche systematique des conformations ont revele pour les deux peptides dans l'etat replie au moins deux conformations dominantes et distinctes qui sont compatibles avec les donnees experimentales. L'interaction aromatique(i)-amide(i + 2) peut avoir un arrangement de la liaison n-h parallele ou perpendiculaire avec l'anneau aromatique. Les interactions intramoleculaires le long du squelette et les interactions avec les molecules d'eau stabilisent ces structures. L'interaction cisproline(i-1)-aromatique(i) permet un agencement compact de l'anneau aromatique avec, soit le proton h(i-2), soit le proton h(i-1), mais pas avec les deux ensemble. A partir de toutes les conformations jugees probables, des simulations par dynamique moleculaire, et des calculs d'energie libre ont ete effectues. En parallele, les deplacements chimiques 1h et 1 3c, et les constantes d'accouplement 3j ont ete mesures sur le peptide ala-cispro-tyr. Un excellent accord a ete obtenu entre toutes les proprietes rmn mesurees et calculees. Le scenario detaille et precis du repliement de ces peptides obtenu a partir de ces etudes est le resultat de l'utilisation complementaire et combinee des techniques experimentales et theoriques.