Les complexes boucle-boucle ARN : approches par dynamique moléculaire et spectroscopie UV en solution
Institution:
Bordeaux 1Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
A kissing-complex is made of two hairpins with complementary loops. This kind of structure is known to participate in molecular recognition and is involved in a lot of gene regulation but also in all retrovirus dimerization process (for a review, see Brunel et al. , 2002). Some of the factors which determine the kissing-complex stability have already been studied (Gregorian & Crothers, 1995). Here after a preliminary reflexion about the kissing-complex topology, a study based on MD and UV monitored thermal denaturation experiments gets a deep insight into the kissing-complex structure and stability and brings a new way to aprehend this family of structures. Then, a MD study of the two DIS/DIS (Dimerization Initiating Site of HIV-1) kissing-complex structure helps to understand the dynamics and the topology of both duplexes. This study results in a proposal of a new and simple dimerization process.
Abstract FR:
Un kissing-complexe résulte de l'association de deux acides nucléiques structurés en épingle à cheveux et s'appariant grâce à leurs boucles complémentaires. Les kissing-complexes connus sont le plus souvent utilisés comme signal de reconnaissance moléculaire et participent ainsi à la régulation de certains gènes. On les retrouve aussi impliqués dans le processus de diméristion des rétrovirus (pour une revue, voir Brunel et al, 2002). Certains facteurs déterminants pour la stabilité des kissing-complexes ont déjà été étudiés (gregorian & Crothers, 1995). Ici, après une réflexion sur la topologie des kissing-complexes, une étude basée sur la modélisation moléculaire et des techniques biochimiques a permis d'approfondir ou de découvrir certaines propriétés des kissing-complexes et apporte ainsi un visage nouveau à ce type d'édifice moléculaire. Enfin, en complément, une étude comparative des deux structures de DIS/DIS (dimerization Intiating Site of HIV-1) existantes permet de mieux comprendre la dynamique et la topologie de ce complexe et débouche sur la proposition d'un nouveau processus de dimérisation.