Les protéines alternatives de la protéine de capside du virus de l’hépatite C : détermination des mécanismes moléculaires impliqués dans leur production et localisation cellulaire
Institution:
Lyon 1Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
New HCV proteins decoded in the core protein +1 Open Reading Frame (ORF) harbor +1 core reading frame in part or totality of their sequence have been described. They form a new HCV proteins family named Alternate Reading Frame Proteins ARFP. The discovery of anti-ARFP antibodies and anti-ARFP T cell responses confirm that these proteins are expressed during natural HCV infection. The goal of this thesis was to : (1) Analyze the unknown molecular mechanism of the ARFP1a synthesis. To this end, we used several in vitro and in cellulo HCV expression systems, including the replicon system and the recently described JFH1 infectious clone. The results show for the first time that the production of ARFP1a is promoted by a transcriptional slippage of the viral polymerase, NS5B. (2) Obtain the intracellular localisation of each of the ARFPs to determine their function(s). The co-localization of the ARFP arising from an internal initiation of the translation at codon 26 in the +1 ORF (ARFP26) with the mitochondria has been established. This result is a major discovery. The signal peptide mapping shows that the structural integrity of the whole protein drive its targeting to the mitochondria. Moreover, expression of various HCV genotypes allows us to consider the ARFP26 cellular localisation as genotype dependant. Finally, we show that this protein does not share pro- or anti-apoptotic activities. These studies bring conclusive and fundamental knowledge on the HCV ARFP family, notably we discover of a specific RNA structural element which could be associated with the translation regulation of the VHC genomic RNA
Abstract FR:
De nouvelles protéines du Virus de l’Hépatite C (VHC) ont été récemment décrites et possèdent toutes une partie ou la totalité de leur séquence codée par la phase de lecture +1 (ORF+1) de la protéine de capside. Elles constituent donc une famille de protéines nommées ARFP (Alternate Reading Frame Protein). La découverte d’anticorps spécifiquement dirigés contre elles dans le sérum de patients a prouvé qu’elles étaient synthétisées lors d’une infection naturelle par le VHC. L’objectif de cette thèse a été : (1) Déterminer le mécanisme d’expression de l’ARFP1a. Cette étude a été menée in cellulo avec le système réplicon et la souche infectieuse JFH1, récemment décrite. Nous montrons pour la première fois que le mécanisme induisant la production de l’ARFP1a est un glissement transcriptionnel de la polymérase virale, NS5B. (2) Dans le but de découvrir la fonction de ces protéines, nous nous sommes attachés à déterminer la localisation cellulaire de chacune des ARFPs. Ainsi, nous avons découvert que l’ARFP issue d’une initiation interne au niveau du codon 26 de l’ORF+1 (ARFP26), est localisée spécifiquement aux mitochondries. Ce résultat constitue une découverte majeure. La recherche de la séquence d’adressage de l’ARFP26 a démontré que l’intégrité structurale de la protéine entière est primordiale pour sa co-localisation avec les mitochondries. De plus, l’expression d’ARFP26 provenant de divers génotypes du VHC indique que cette localisation est génotype dépendante. Enfin, nous avons montré que l’ARFP26 ne possédait pas d’activité pro ou anti-apoptotique. Ces études ont apporté des connaissances fondamentales et décisives dans le domaine des ARFPs du VHC, notamment avec la découverte d’éléments structuraux particuliers du génome pouvant être impliqués dans des phénomènes de régulation de la traduction