thesis

Synthèse sélective d'oligosaccharides : utilisation de glycosidases obtenues par mutagenèse ponctuelle et par évolution dirigée : tentatives de création d'une activité hydratase à partir d'une pectate lyase

Defense date:

Jan. 1, 2006

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Institution:

Nantes

Disciplines:

Biochemistry

Authors:

Directors:

Abstract EN:

The aim of this PhD thesis was first to use modified glycosidases for the synthesis of antigen H-1 analogs and second to generate an hydratase activity from a pectate lyase. In this end, we evaluated three glycosynthases and transglycosidases. We showed that glycosynthases can synthesize disaccharides with nearly quantitative yields. Furthermore, transglycosidases can synthesize transglycosylation compounds with 60 to 75% yields depending of the acceptor. Modification of the Thermotoga maritima pectate lyase (TmPel) was attempted with complementary approaches. Our efforts for the directed evolution of TmPel led us to the development of an in vivo selection system in Escherichia coli allowing the seak of new enzymatic activities. We also constructed a model of TmPel to discuss about its rationnal engineering.

Abstract FR:

L'objectif de cette thèse est, d'une part, axée sur les glycosidases modifiées pour la synthèse d'analogues de l'antigène H-1 et, d'autre part, de créer une activité hydratase à partir d'une pectate lyase. A cet effet, nous avons évalué trois glycosynthases et des transglycosidases. Nos résultats montrent que les glycosynthases permettent d'obtenir des disaccharides avec des rendements quasi quantitatifs. De plus, les transglycosidases permettent la synthèse de composés de transglycosylation avec des rendements de 60 à 75% selon l'accepteur utilisé. La modification de la pectate lyase de Thermotoga maritima (TmPel) aux travers d'approches complémentaires a été tentée. Nos efforts pour l'évolution dirigée de TmPel nous ont permis de mettre au point un système de sélection in vivo dans Escherichia coli pour la recherche de nouvelles activités enzymatiques. Nous avons également construit un modèle de TmPel permettant de discuter des possibilités d'ingénierie rationnelle.