Développement de méthodes analytiques par spectrométrie de masse pour une meilleure quantification et une caractérisation fine des protéomes
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StrasbourgDisciplines:
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Abstract EN:
Quantitative proteomics is a key asset for the study of biological systems at the protein scale, as highlighted by the large panel of available strategies. It can be subdivided as following: global strategies, targeted strategies and DIA strategies that combine advantages of the first two. This PhD work is focused on the development of quantitative proteomics methods to achieve better quantification and characterisation of proteomes. The bottleneck of these approaches is the data analysis step. That is why my first focus was to benchmark several DIA software tools. I developed and optimised different quantification methods applied to various biological contexts, and further evaluated their performances in order to properly address a series of biological questions. Finally, analytical strategies have been developed to finely characterise proteomes of cellular entities, namely human mitochondrial proteome, protein content of tumor exosomes and biological entities encapsulated into microdroplets.
Abstract FR:
La protéomique quantitative est un atout considérable pour l’étude des systèmes biologiques à l’échelle protéique, comme en témoigne le large panel de stratégies disponibles. Celui-ci peut être subdivisé de la sorte : stratégies globales, stratégies ciblées et stratégies DIA qui combinent les avantages des deux précédentes. Ce travail de thèse est focalisé sur le développement de méthodes de protéomique quantitative afin d’améliorer la quantification et la caractérisation des protéomes. Le principal verrou résidant dans l’analyse des données, la première partie de mon travail a consisté à évaluer différents logiciels de traitement des données DIA. Suite aux développement et optimisations de différentes méthodes de quantification dans des contextes biologiques variés, leurs performances ont été évaluées afin de répondre au mieux aux questions biologiques posées. Enfin, différentes stratégies analytiques ont été développées afin de caractériser finement des protéomes d’entités cellulaires, à savoir le protéome mitochondrial humain, le contenu protéique d’exosomes tumoraux et d’entités biologiques encapsulées dans les microgouttelettes.