Dynamique et orientation de peptides transmembranaires : étude couplant calculs quantiques et RMN du solide
Institution:
Toulouse 3Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
This thesis shows a brand new approach, coupling quantum calculations of NMR properties and solid-state NMR experiments. The aim is to establish a methodology that can determine the orientation and dynamics of model peptides in model membrane, more particularly the WALP 23 peptide in DMPC membrane. First, a complete study was carried out on the quantum calculations of chemical shift anisotropies (CSA) tensors, in order to determine the important elements that have to be taken into account in this kind of calculation. Then, these calculations were coupled to solid-state NMR measurements, allowing to determine the orientation and dynamics parameters of the peptide, using an approach, that consists in considering several NMR constraints. Subsequently, a study coupling quantum calculation of CSA tensors and structures extracted from molecular dynamics, was carried to take into account of the internal dynamic effects of the peptide.
Abstract FR:
Ce mémoire montre une approche nouvelle, couplant calculs quantiques de propriétés RMN et expériences de RMN du solide. Le but est de mettre en place une méthodologie permettant de déterminer l'orientation et la dynamique de peptides modèles en membrane modèle, plus particulièrement pour le peptide WALP 23 en membrane de DMPC. Dans un premier temps, une étude complète a été menée sur les calculs quantiques de tenseurs d'anisotropies de déplacement chimique (CSA), afin de déterminer les éléments importants à prendre en compte dans ce type de calcul. Ces calculs ont ensuite été couplés à des mesures de RMN du solide, permettant de déterminer les paramètres d'orientation et de dynamique du peptide, en utilisant une approche qui consiste à prendre en compte différentes contraintes RMN. Dans un deuxième temps, une étude couplant calculs quantiques de tenseurs CSA et structures issues de dynamique moléculaire a été menée afin de prendre en compte des effets de dynamique interne du peptide.