Abstract FR:

Les objectifs de ce travail sont d’une part d’étudier la structure des populations et le mode de reproduction des leishmanies et d’autre part d’étudier l’impact des activités humaines sur les foyers de leishmaniose en Guyane française. Ce dernier point est réalisé dans le cadre d’un projet ANR intitulé : Impact de l’Anthropisation et de l’Environnement dans le fonctionnement des foyers de leishmaniose en Guyane Française, au Sénégal et en France. Mon travail de thèse a pour buts spécifiques : 1) de mener une étude de génétique des populations avec des marqueurs microsatellites sur différentes espèces de leishmanies, collectées dans différentes localités 2) d’étudier les foyers de leishmaniose en Guyane Française et en particulier dans la localité de Cacao. Cette partie consiste (i) à caractériser et à déterminer la distribution des espèces réservoirs mammifères et de vecteurs potentiels de leishmaniose, (ii) à étudier la structure des populations des Leishmania isolées sur tout le territoire guyanais. Les analyses de génétique des populations sont menées afin de mieux comprendre la structure génétique et le mode de reproduction de ces protozoaires parasites. Pour accéder à une compréhension plus générale et globale du mode de transmission et de reproduction de ces parasites, des analyses sur 3 espèces différents de leishmanies (L. Braziliensis, L. Guyanensis et L. Donovani), issues de localités différentes (Pérou/Bolivie, Guyane française et Soudan), sont menées. Concernant l’étude sur Cacao (Guyane Française), différents sites de capture ont été choisis en collaboration avec François Catzeflis représentant des environnements différents et plus ou moins anthropisés : les cultures actives, la forêt « secondaire » et la forêt « primaire ». A partir des captures de mammifères réalisées dans les différents sites choisis, des PCR diagnostiques ont été effectuées sur les organes prélevés (rate, oreille, foie et sang) afin de déterminer les espèces de mammifères « réservoirs » potentiels à Cacao (Guyane Française). L’espèce de leishmanie est ensuite déterminée par séquençage. Les phlébotomes ont été capturés dans les mêmes sites sélectionnés. Après caractérisation morphologique, des PCR diagnostiques suivies du séquençage sont effectués sur les individus femelles pour déterminer l’espèce de Leishmania éventuellement présente. La distribution des espèces de phlébotomes et des individus infectés sera étudiée en fonction du degré d’anthropisation. Les résultats obtenus pour la partie « parasites » révèlent des données en contradiction avec un mode de reproduction théoriquement clonal. En particulier, les résultats suggèrent pour la première fois un fort taux d’autofécondation. Ainsi, nous émettons l’hypothèse que ces parasites sont capables d’alterner différents modes de reproduction (clonalité, autofécondation et évènements de recombinaison occasionnels). De plus, nous observons des structures de populations différentes en fonction des espèces. On peut donc émettre l’hypothèse que les parasites seraient capables d’alterner différents modes de reproduction dans des proportions différentes en fonction de l’espèce de leishmanie considérée. Toutefois, différentes hypothèses restent encore à tester, telles que l’existence d’un effet Wahlund, de phénomènes de conversion génique, ou encore la possibilité que certains locus microsatellites situés à côté de gènes subissent de la sélection, etc. Pour la partie « réservoirs mammifères », 58 individus ont été capturés par François Catzeflis pour lesquels la rate, l’oreille, le foie et le sang ont été prélevés. Tous ces échantillons ont ensuite été analysés en PCR diagnostique, afin de déterminer les individus parasités. Les résultats ont révélé 9 individus positifs, principalement des mammifères terrestres et pour la première fois en Guyane un chat et une chauve-souris. Nous avons déterminé par séquençage que le chat était infecté par l’espèce L. Braziliensis. Les 8 autres individus sont infectés par une Leishmania du sous-genre Viannia (PCR diagnostique). Il reste à déterminer le taxon par séquençage. Pour les vecteurs, au total 3326 phlébotomes ont été capturés par Jean-Charles Gantier et l’équipe de Romain Girod, et aujourd’hui environ 1000 individus ont été disséqués et sont en cours d’identification morphologique. Il restera ensuite à effectuer des PCR diagnostiques sur les femelles afin d’évaluer les espèces potentiellement vectrices de leishmaniose. De plus, pour cette partie, face au nombre trop important de vecteurs capturés et donc à la masse de travail exorbitante de caractérisation des espèces de phlébotomes, une technique de « barcoding » est en cours de mise au point pour l’identification des phlébotomes de Guyane Française en collaboration avec Jean-Yves Rasplus du CBGP.