Origines des séquences microsatellites dans les génomes eucaryotes
Institution:
Montpellier 2Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
Microsatellites, are genomic elements found in the genomes of all living species. This thesis focuses on the microsatellite apparition, by analysing the complete human genome sequence. This requires extracting microsatellite loci from the sequence, using specific algorithms. However these available algorithms differs in detection method. The first part of this thesis is dedicated to the comparison of some algorithms of tandem repeats detection, and present an overview of their qualities and limitations. Microsatellite birth essentially derived from transposable elements (TEs) or from mutation from any DNA sequence. The analysis of TE-mediated birth focuses on the role of Alu elements. Mutation mediated birth is analysed though three different mechanisms: point mutation, DNA slippage and adjacent micro-duplication of a small number of nucleotides. A general model of microsatellite apparition is then proposed, suggesting a more complex apparition dynamic than was previously thought
Abstract FR:
Les microsatellites sont des entités génomiques présentes dans tous les organismes vivants. Nous nous intéressons dans cette thèse à leur apparition, en se basant sur l'analyse de la séquence du génome humain. Il a tout d'abord fallu extraire les microsatellites, et il existe plusieurs algorithmes de fonctionnement différents pour cela. La première partie de cette thèse se concentre sur la comparaison de quelques-uns des algorithmes de recherche de répétitions en tandem, et dresse un portait de chacun des algorithmes. Deux possibilités majeures d'apparition des microsatellites sont détaillées. Dans le premier cas, l'étude est focalisée sur le rôle des séquences Alu. La deuxième étude cherche à établir l'impact de trois mécanismes différents : la mutation ponctuelle, le glissement de polymérase et la micro-duplication. Un modèle général d'apparition des microsatellites est enfin proposé, suggérant une dynamique d'apparition plus complexe que ce qui était précédemment supposé