Abstract FR:

L'objectif général de ce travail de thèse était de déterminer l'importance quantitative et fonctionnelle des virus en milieu aquatique, notamment lacustre. Il s'agissait, plus précisément, de mesurer l'importance relative de la lyse virale et de la prédation par les protistes bactérivores, dans les processus de pertes affectant les communautés bactériennes. Plusieurs études ont été conduites à différentes échelles temporelles (nycthémérale et saisonnière), dans des milieux contrastés (lacustre et marin), le long d'un gradient trophique (oligotrophe et entrophe), et à des profondeurs correspondants à des environnements bio-physico-chimiques distincts (épi-, méta- et hypolimnion des lacs). L'ensemble des résulats acquis nous amène à conclure que les virus représentant une composante abondante, ubiquiste et dynamique des milieux aquatiques dont l'activité lytique est responsable, en moyenne, de 10 à 20% des pertes de la production bactérienne dans les écosystèmes aquatiques, notamment lacustres. Dans les milieux de nature oligotrophe, la prédation des protistes constitue la cause essentielle des pertes bactériennes alors que dans les milieux eutrophes, la prédation du métazooplancton (rotifère, cladocères) ainsi que d'autres processus de mortalité bactérienne comme l'autolyse pourraient intervenir de façon significative