Conversion du cancer du sein triple-négatif par la modulation épigénétique
Institution:
université Paris-SaclayDisciplines:
Directors:
Abstract EN:
Research presented in this thesis manuscript is the result of a fruitful collaboration between my host company, Institut de Recherches SERVIER, my host laboratory, BioPhenics Laboratory at Institut Curie, and I, preparing my PhD at the doctoral school CBMS at Université Paris-Saclay. International partnerships also led to the generation of numerous data towards the same purpose: identifying novel therapeutic targets in triple-negative breast cancer (TNBC) treatment. TNBC is a breast cancer subtype characterized by its ER(Estrogen receptor)-, PR(Progesterone receptor)- and HER2(Human epidermal growth factor receptor 2)-negative phenotype, affecting almost 20% of breast cancer diagnosed women. In the absence of these receptors, patients cannot respond neither to hormone therapy nor anti-HER2 targeted therapies. While TNBC is enriched in cancer-stem cells (CSC) and epigenetic deregulations were identified in TNBC CSC signaling pathways, we supposed that epigenetic mechanisms could be modulated to result in two phenotypes : an impact on TNBC cell viability, and an impact on HER2 expression in order to sensitize cells to existing anti-HER2 therapies. To investigate these hypotheses, we performed siRNA functional genomics screening targeting 863 epigenetic modulators through high-throughput and high-content approaches. Although using siRNA represents a powerful approach, the risk of off-target effects is important. In order to reinforce on-target hits discovery and to prevent the identification of non-specific hits, various strategies were used for the two studies. While the identification of genes involved in HER2 expression is currently in progress, we identified 3 key genes for TNBC cell viability, including CHAF1A for which the role in TNBC cell viability was never revealed. Also, following bioinformatic analyses performed from viability data, off-target effects were considered as sources of potential hits, highlighting the potential of a new functional genomics screening approach.
Abstract FR:
Les travaux de recherche que présente cette thèse sont le fruit de collaborations fructueuses entre mon entreprise d’accueil, l’Institut de Recherches SERVIER, mon laboratoire d’accueil, la plateforme BioPhenics de l’Institut Curie, et moi-même préparant mon doctorat à l’Ecole Doctorale CBMS de l’Université Paris-Saclay. Des partenariats internationaux ont également permis de générer et d’enrichir de multiples données dans un même but : identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement du cancer du sein triple-négatif (TNBC, Triple-negative breast cancer). Le cancer TNBC est une forme de cancer mammaire caractérisée par l’absence des récepteurs aux œstrogènes (ER, Estrogen Receptor), à la progestérone (PR, Progesterone receptor), et du récepteur de facteur de croissance épidermique humain 2 (HER2, Human epidermal growth factor receptor 2), touchant près de 20% des femmes diagnostiquées avec un cancer mammaire. Par l’absence de ces récepteurs, les patientes ne sont éligibles ni aux thérapies hormonales ni aux thérapies ciblées anti-HER2. Alors que le cancer TNBC est enrichi en cellule-souches cancéreuses (CSC) et que des dérégulations épigénétiques ont été identifiées dans les voies de signalisation des CSC des TNBC, nous avons émis l'hypothèse que les mécanismes épigénétiques pourraient être modulés et aboutir à deux phénotypes : un impact sur la viabilité des cellules d'une part, et un effet sur l'expression de HER2 de façon à sensibiliser les cellules aux thérapies anti-HER2 existantes d'autre part. Afin de vérifier ces hypothèses, nous avons réalisé des cribles de génomique fonctionnelle en siRNA ciblant 863 modulateurs épigénétiques par des approches à haut débit et haut contenu. Bien que l’utilisation de siRNA représente une approche puissante, le risque d’effets hors cible est important. Afin de renforcer la découverte de hits spécifiques et de limiter l’identification de hits non-spécifiques, différentes stratégies ont été mises en place pour les deux études. Alors que l’identification de gènes impliqués dans l’expression de HER2 est toujours à l’étude, nous avons identifié 3 gènes clés pour la viabilité des cellules TNBC, parmi lesquels CHAF1A, dont le rôle dans la viabilité des cellules TNBC est identifié pour la première fois. Aussi, suite à des analyses bioinformatiques réalisées à partir des résultats générés en viabilité, les effets non spécifiques à la cible initiale ont été considérés comme sources de hits potentiels, permettant d’envisager de nouvelles approches de génomique fonctionnelle.