Apport des techniques de biologie moléculaire dans le diagnostic microbiologique des endophtalmies exogènes aigues
Institution:
Lyon 1Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
The systematic microbiological documentation of endophthalmitis allows the confirmation of the infectious nature of the disease and the possible adaptation of treatment at the individual level and, at the collective level, the epidemiological characterization of the bacterial spectrum of endophthalmitis. Long reserved for research, the use of molecular biology techniques to complement conventional culture techniques has become important for the diagnosis of endophthalmitis in recent years. These new diagnostic techniques are particularly useful for the microbiological study of bacteria that are difficult or impossible to grow, due to their intrinsic properties, their presence in very small inoculum, their sequestration on prosthetic materials, or their inactivation by prior antibiotic treatment. These techniques are based on the polymerase chain reaction (PCR), which allows the amplification and detection of extracted bacterial deoxyribonucleic acid (DNA) that is initially present in very small quantities in an ocular sample. In practice, these conventional or real-time PCRs allow either the a priori detection of bacterial DNA (universal PCR) or the identification of a specific DNA fragment of a bacterial genus or species (specific PCR). New techniques of PCR will allow more rapid bacterial identification and also characterization of genotypic properties, such as gene of virulence or antibioresistance
Abstract FR:
La documentation microbiologique systématique des infections endoculaires (ou endophtalmies) permet la confirmation du caractère infectieux de l'atteinte et l'adaptation éventuelle du traitement à l'échelle individuelle, ainsi que la caractérisation épidémiologique du spectre bactérien à l'échelle collective. Longtemps réservée au domaine de la recherche, l'utilisation des techniques de biologie moléculaire en complément des techniques de culture conventionnelle a pris une place importante dans la démarche diagnostique de ces affections au cours des dernières années. Ces techniques de diagnostic microbiologique sont particulièrement utiles pour la recherche de bactéries difficiles voire impossibles à cultiver du fait de leurs propriétés intrinsèques, de leur présence en très faible quantité, de leur séquestration sur le matériel prothétique ou de leur inactivation par une antibiothérapie préalable. Elles sont basées sur le principe commun de la Polymerase Chain Reaction (PCR) qui permet après une étape d'extraction, l'amplification puis la détection d'Acide Désoxyribo Nucléique (ADN) bactérien initialement présent en quantité infime au sein d'un prélèvement endoculaire. Ces PCR effectuées en mode conventionnel ou en temps réel permettent soit la détection d'ADN bactérien sans a priori (PCR pan bactérienne suivie en général de séquençage) soit la mise en évidence d'un fragment d'ADN spécifique de genre ou d'espèce bactérien (PCR spécifiques). En pratique, afin d'optimiser la détection des micro-organismes responsables d'endophtalmies, il est préférable dans la plupart des cas d'obtenir un prélèvement précoce de vitré et d'appliquer sur ce prélèvement une culture conventionnelle et une technique de biologie moléculaire par PCR pan bactérienne, les deux approches étant complémentaires. Pour les prélèvements effectués lors de la vitrectomie postérieure, l'analyse du vitré dilué par PCR pan bactérienne est suffisante. Les techniques de biologie moléculaire sont plus sensibles que les cultures pour l'identification de bactéries à croissance lente ou difficile (Granulicatella, Moraxella, P. acnes) et offrent une possibilité alternative de diagnostic étiologique lorsque la culture conventionnelle est mise en défaut, en particulier lorsque le patient a déjà bénéficié d'une antibiothérapie intra vitréenne. Les techniques de PCR spécifiques ciblant les genres les plus fréquemment impliqués dans les endophtalmies (Staphylococcus et Streptococcus) sont utiles en seconde intention en cas de négativité des analyses en culture et PCR pan bactérienne, en particulier lorsque seul un prélèvement d'humeur aqueuse est disponible