Etude de la diversité spécifique et fonctionnelle des communautes microbiennes associées à des sources hydrothermales marines profondes par des approches moléculaires
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Abstract EN:
Our knowledge of the diversity of marine microbial communities has long been restricted to the precious but incomplete informations generated by the culture-based methods. In this study, molecular techniques (PCR, RT-PCR, cloning, sequencing, hybridization) and genetic markers [16S rRNA, genes coding for enzymes specific of diverse metabolic pathways (mcr A, pmo A, dsrAB)] were used to circumvent the limits inherent to cultivation methods ant to get a more realistic view of the specific and functional diversity of the deep-sea hydrothermal vent microbial communities. This research allowed (i) to reveal a wide diversity af archaeal and bacterial 16S rRNA, and to show the existence of variations in the archaeal coomunity composition at the hydrothermal site and hydrothermal field scales, (ii) to discover new microbial lineages whatever the genetic markers used, and to study the phylogenetic diversity and geopgraphic distribution of one of them (iii) to develop and validate 16S rRNA oligonucleotide probes targeting Archaea frequently found in hydrothermal systems, and (iv) to identify the most active Archaea of a microbial community associated with an hydrothermal sample. By the combined use of diverse molecular approaches, this work enlarges our view of the diversity of microbial communities in deep-sea hydrothermal vents.
Abstract FR:
Nos connaissances de la diversité des communautés microbiennes marines ont longtemps été restreintes aux informations précieuses, mais incomplètes, issues de l'utilisation de méthodes de culture. Lors de cette étude, des techniques moléculaires (PCR, RT-PCR, clonage, séquençage, hybridation) et des marqueurs génétiques [ARNr 16S, gènes codant pour des enzymes spécifiques de différentes voies métaboliques (mcr A, pmo A, dsrAB)] ont été utilisés pour contourner les limites inhérentes aux méthodes de culture et accéder à une vision plus réaliste de la diversité spécifique et fonctionnelle de communautés microbiennes hydrothermales. Ce travail de recherche a permis (i) de mettre en évidence une grande diversité de séquences d'ADNr 16S archaéens et bactériens, et de montrer l 'existence de variations dans la composition des communautés archaennes à l'échelle d'une source et d'un champ hydrothermal , (ii) de découvrir de nouvelles lignées microbiennes, quelles que soient les marqueurs génétiques utilisées, et d'étudier la diversité phylogénétique et la distribution géographique d'une d'entre elles, (iii) de développer et valider des sondes oligonucléotidiques ciblant l'ARNr 16 S d'archaea fréquemment rencontrées sans des systèmes hydrothermaux, et (iv) d'identifier les archaea les plus actives d'une communauté microbienne associée à un échantillon hydrothermal. Grâce à l'utilisation combinée de différentes approches moléculaires, ce travail élargit notre vision de la diversité des communautés microbiennes de l'écosystème hydrothermal marin profond