Caractérisation des mycobactéries à croissance rapide du réseau d’eau parisien et typage moléculaire de Mycobacterium chelonae : étude génotypique et génomique
Institution:
Versailles-St Quentin en YvelinesDisciplines:
Directors:
Abstract EN:
Non pigmented rapidly growing mycobacteria (RGM) are saprophytic pathogens present in hydrotelluric environments. They are frequently found in the production and distribution systems of drinking water. As some of them are considered as emerging human pathogens these last years, they are submitted to an increased surveillance. We conducted a large-scale survey in the Parisian urban tap water production and distribution system by analyzing more than 1400 water samples. Partial rpoB sequencing of 643 RGM isolates identified 18 species, with the most predominant species being M. Chelonae and M. Llatzerense (global prevalence of these two species was 25% and 20%, respectively). M. Chelonae was significantly associated to surface water, whereas M. Llatzerense was significantly associated to groundwater. Among the RGM isolates, four hitherto unknown RGM species were identified, M. Ivryense, M. Lutetiense, M. Arcueilense and M. Montmartrense, and their genotypic and phonotypical characters were determined. The second part of this thesis describes the development of a molecular typing method, Multi Locus Sequence Typing (MLST) for M. Chelonae. This method was used to analyse the genetic structure of 148 isolates of M. Chelonae obtained from clinical and environmental samples from several countries. We found a wide variety of sequence types (ST) which could be separated into two distinct groups. For some genes we found alleles that were nearer to some alleles of M. Abscessus than those of M. Chelonae.
Abstract FR:
Les mycobactéries à croissance rapide non chromogènes (MCR) sont des bactéries saprophytes ou pathogènes opportunistes vivant dans les environnements hydro-telluriques et fréquemment retrouvées dans les réseaux de distribution d’eau potable. Ces dernières années elles font l’objet d’une surveillance accrue du fait de l’émergence de certaines d’entre elles en pathologie humaine. Nous avons réalisé une étude de cartographie des MCR sur l’ensemble du réseau hydrique parisien portant sur plus de 1400 prélèvements. L’analyse des isolats (n=643) par séquençage partiel de rpoB a permis d’identifier 18 espèces de MCR. Les espèces M. Chelonae et M. Llatzerense étaient largement prédominantes (prévalences globales respectives : 25 et 20 %), avec une association significative de la première aux eaux « de surface » et la seconde aux eaux « de source ». Quatre espèces n’avaient jamais été décrites et ont été caractérisées phénotypiquement et génotypiquement : M. Ivryense, M. Lutetiense, M. Arcueilense et M. Montmartrense – ces trois dernières espèces formant un nouveau groupe au sein des MCR. Dans la seconde partie de notre travail, nous avons développé une méthode de typage de M. Chelonae par MultiLocus Sequence Typing (MLST) que nous avons appliquée à l’analyse de la structure génétique d’une collection de 148 isolats cliniques et environnementaux provenant de divers laboratoires à travers le monde. Ces analyses nous ont permis de mettre en évidence une grande diversité de « sequence types » (ST), mais qui se répartissaient en deux sous-groupes distincts. Elles nous ont également permis de découvrir que certains ST possédaient des allèles de gènes plus proches de M. Abscessus que des autres ST de M. Chelonae.