Taxonomie des pseudomonas phytopathogènes du groupe de pseudomonas syringae : études phénotypique et génotypique
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La taxonomie des pseudomonas fluorescents phytopathogènes oxydase négative bien qu'ayant évolué dans le temps est actuellement floue et insatisfaisante. Ce groupe comprend 52 pathovars de p. Syringae et 5 espèces proches (p. Cichorii et p. Viridiflava, p. Amygdali, p. Ficuserectae, p. Meliae). Les caractères phénotypiques (20 caractères biochimiques et l'assimilation de 147 substrats hydrocarbones) de 655 souches des pathovars de p. Syringae et des 5 espèces proches ont été étudiés. Les données ont été interprétées par l'utilisation d'une méthode de taxonomie numérique et du coefficient de capacite de diagnostic (ccd). Les résultats font apparaitre la grande diversité phénotypique des pathovars p. Syringae. Des souches de certains pathovars comme pv. Glycineae, pv. Phaseolicola, pv. Savastanoi, pv. Porri, pv. Avellanae, pv. Persicae, pv. Tomato, pv. Morsprunorum, pseudomonas sp. (magnolia sp. ) Forment des phenons que l'on différencie par les caractères phénotypiques. D'autres pathovars comme pv. Syringae, pv. Pisi, pv. Aptata, pv. Atropurpurea, pv. Japonica, pv. Dysoxyli, pv. Eriobotryae, pv. Lapsa, pv. Striafaciens et pv. Atrofaciens s'agrègent dans le même phenon a des distances faibles et ne sont pas identifiables par les caractères biochimiques. Les caractères génomiques des souches-type des 52 pathovars de p. Syringae et des 5 espèces proches ont été étudiés par hybridations quantitatives adn/adn par la methode de la nucléase s1. Il a été mis en évidence 9 espèces génomiques qui regroupent un nombre variable de pathovars : p. Syringae (10), p. Savastanoi (20), p. Tomato (14), p. Porri (8), p. Avellanae (2), p. Helianthi (2), p. Tremae (1), p. Cannabinae (1) et p. Viridiflava (2). La validation de ces 9 espèces sera proposée. Cependant, aucune caractérisation biochimique ne permet pas encore leur identification.