Abstract FR:

Dans cette these, nous avons developpe une methode de comparaison automatique des structures tridimensionnelles des proteines nommee sofi. Elle utilise comme seule mesure de similarite structurale le r. M. S. D. Des atomes de la chaine principale apres superposition et est concue pour obtenir des alignements globaux optimaux par rapport a cette mesure grace a un nouvel algorithme de classification a liens multiples. Une premiere variante de sofi nous a permis d'etudier les similitudes structurelles entre des proteines lointainement apparentees. Nous avons analyse deux familles, la premiere comprenant l'ubiquitine, le domaine b1 de la proteine g et la ferredoxine et la seconde contenant le domaine variable de l'immunoglobuline, l'actinoxanthine et la plastocyanine. Nous avons defini un motif structurel consensus pour chacune des deux familles, qui comprend tous les elements de structure conserves au sein de la famille. Nous avons egalement recherche la presence de ce motif dans d'autres proteines plus ou moins apparentees. De plus, nous avons adapte sofi a l'analyse des changements conformationnels tels que ceux qui apparaissent lors de la liaison avec un substrat. Une analyse automatique des arbres generes par sofi est utilisee pour identifier les mouvements de corps rigides et pour determiner le mecanisme du changement de conformation. Quatre exemples typiques de tels mecanismes ont permis de tester les performances de notre procedure: la citrate synthase, la lactate deshydrogenase, la lactoferrine et la -glucosyltransferase. Finalement, nous avons identifie, classifie et analyse des motifs structuraux recurrents constitues de trois elements de structure secondaire successifs le long de la sequence relies par des boucles qui peuvent etre differentes. Nous avons considere toutes les successions possibles d'une helice et de deux brins- lies par des liaisons hydrogenes. Les caracteristiques de sequence, de structure et de geometrie qui sont conservees parmi les membres de chaque famille ont ete identifiees