thesis

Exploitation d'une base de donnees d'escherichia coli : analyse de la composition des genes et leur traduction

Defense date:

Jan. 1, 1994

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Institution:

Paris 11

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Abstract FR:

Une etude d'une base de donnees d'escherichia coli a ete entreprise en vue de caracteriser les genes de cette bacterie. D'une part, on a calcule pour chaque gene les frequences d'usage des bases a, t, g et c sur les 3 positions des codons, la frequence des codons et des amino-acides, ainsi que des parametres lies a la lecture hors-cadre en -1 et +1. Une sous-population particuliere, la classe des proteines membranaires integrales, a ete mise en evidence a partir de l'usage des bases a et t en 2eme position des codons ainsi que de leur usage des amino-acides. D'autre part, a partir de 3 hypotheses destinees a estimer le temps de traduction d'un codon, une simulation de la traduction des genes a ete effectuee. On a mis en evidence, sous les 3 hypotheses considerees, une correlation entre le % en g+c moyen d'un gene et sa vitesse moyenne de traduction, avec l'existence d'une sous-population a traduction lente et un % en g+c moyen des genes inferieur a la moyenne