Répartition dans un sol de bactéries du genre Frankia : caractérisation moléculaire des isolats et étude biochimique de leurs hopanoïdes
Institution:
Lyon 1Disciplines:
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Abstract FR:
Frankia est une bacterie fixatrice d'azote appartenant au groupe des actinomycetes. Elles presentent la particularite de fixer l'azote atmospherique en etablissant une symbiose avec les plantes actinorhiziennes, mais egalement en conditions saprophytiques, grace a la presence de composes lipidiques particuliers, les hopanoides. Les hopanoides sont des composes presents en faible quantite chez de nombreuses eubacteries. Chez frankia, ces composes sont presents en grande quantite et participent a l'etablissement d'un gradient d'oxygene entre les compartiments intra et extracellulaires, indispensable au fonctionnement de la nitrogenase. Etant donnee la grande diversite de conditions edaphiques que peut supporter frankia, on emet l'hypothese que ces hopanoides ont egalement un role dans l'adaptation de ces bacteries a leur milieu. Afin de caracteriser et detecter les bacteries du genre frankia nous avons etudie un determinant genetique : l'intergene (igs) nifd-k qui presente un niveau de discrimination eleve et nous avons mis au point un couple d'amorces specifiques du genre frankia. La diversite des frankia a ete evaluee en fonction de la profondeur de sol. Les bacteries ont ete extraites par piegeage par la plante et caracterisees genetiquement dans les nodosites. Cette etude a montre la presence de 7 profils pcr/rflp dont la repartition est differente suivant la profondeur du sol. Cette repartition a ete confirmee par pcr/hybridation directement sur l'adn extrait du sol. En utilisant l'igs nifd-k la phylogenie de ces isolats a ete determine. La teneur et la composition en hopanoides ont ete etudiees sur les differents isolats. Meme en conditions non limitantes en azote, toutes les souches ont montre des teneurs inhabituelles en hopanoides (de 23 a 87% des lipides totaux) et de composition variable. La forte teneur en hopanoides et leur difference de composition suggerent un role tres important de ces composes dans l'ecologie des bacteries du genre frankia.