thesis

Identification de nouveaux genes putatifs et mise en evidence de regions chromosomiques dupliquees, dans le cadre du sequencage systematique du genome de la levure saccharomyces cerevisiae

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Jan. 1, 1997

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Dans le cadre du programme europeen de sequencage systematique du genome de saccharomyces cerevisiae, nous avons sequence 4 fragments representant un total de 71218 pb (0,6% du genome), repartis sur les chromosomes ii et vii. Apres une analyse informatique de ces sequences, nous avons identifie la presence de 42 orfs. Cette etude a aussi revele 2 faits majeurs : on ne connait pas la fonction de 45% des orfs mises en evidence et 38% des orfs identifiees sont dupliquees. Nous avons ensuite montre que les orfs dupliquees n'etaient pas reparties au hasard dans le genome, mais organisees de maniere identique sur differents chromosomes dans des structures que nous avons nommees legos. Nous avons pu identifier 5 types de legos dans les sequences realisees au laboratoire. L'etude de la variation des identites existant entre les structures definissant les legos indique que les evenements de duplication a leur origine ont eu lieu a des moments differents dans l'histoire evolutive du genome de saccharomyces cerevisiae. Ce resultat semble exclure une duplication unique de l'ensemble du genome de la levure. Enfin, nous avons mis en evidence une famille multigenique, de fonction inconnue, que nous avons nommee dup. Nous avons montre que cette famille etait composee de deux sous-familles : l'une qui comporte des orfs de 240 codons (dup#2#4#0) et l'autre qui comporte des orfs de 380 codons (dup#3#8#0) les orfs de la sous-famille dup#2#4#0 sont pour la plupart organisees en repetitions en tandems et localisees en dehors des regions telomeriques. Les orfs de la sous-famille dup#3#8#0 resultent de la fusion de deux orfs ancetres de la sous-famille dup#2#4#0 et sont systematiquement situees dans les regions subtelomeriques. Les legos et la famille dup sont probablement impliques dans les remaniements genomiques a l'origine du genome actuel de saccharomyces cervisiae. Ils permettent de proposer des schemas a meme d'expliquer en grande partie l'evolution et la complexification de ce genome.