thesis

Une approche connexionniste et genetique des interactions genotype-phenotype application a l'etude du reseau de regulation des proteines

Defense date:

Jan. 1, 1996

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Institution:

Paris 6

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Authors:

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Abstract FR:

L'approche experimentale se trouve demunie face a l'immense complexite des regulations intracellulaires qui definissent la reponse d'une cellule a une environnement moleculaire particulier. L'objet de ce travail est de proposer une approche theorique des interactions genotype-phenotype, en nous interessant a l'analyse au reseau complexe des regulations defini par les proteines en interaction. Nous presentons un cadre theorique, etaye par un modele informatique, dont la construction est inspiree par l'analyse de donnees experimentales, precedemment obtenues au sein du laboratoire. Les observations realisees lors de cette etude montrent que l'on peut considerer ce systeme comme un reseau dont les noeuds sont les proteines et les arcs representent des susceptibles d'interaction. Le phenotype cellulaire est defini par la dynamique du reseau de regulation ainsi modelise. Un etat stable de la cellule est ainsi associe a un attracteur du reseau de regulation des proteines. Afin de simuler le processus d'evolution de la matrice d'interactions, il est necessaire de disposer d'une methode permettant de modeliser l'evolution d'un genotype tout en evaluant son expression dans un contexte donne. Une telle perspective situee est fournie par les algorithmes genetiques (a. G. ), de par leur caractere selectionniste. Ils sont ici utilises en tant que methodes bioinspirees permettant d'organiser la matrice de connectivite en fonction d'une contrainte explicite portant sur la dynamique du systeme. L'interet des a. G. Est egalement de fournir une methode permettant d'obtenir une matrice de connectivite asymetrique, a la difference des methodes instructivistes classiques. Les resultats obtenus suggerent que la reponse d'une cellule a un stimulus exterieur puisse etre definie par la sollicitation concertee de tout un groupe de proteines, conduisant ainsi a l'idee que la proteine isolee ne constitue peut-etre pas toujours le niveau d'observation adequat. A cet egard, les modeles generiques permettent de s'interesser a une analyse globale, encore hors de portee de l'experience.