Techniques de modelisation moleculaire dediees a l'etude structurale de peptides et proteines en solution, a partir de donnees de rmn. Application a l'etude de la complementation d'un mutant de la phosphoglycerate kinase et du changement conformationnel ph-dependant de l'alpha-cobratoxine
Institution:
Paris 11Disciplines:
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Abstract FR:
Les techniques de modelisation moleculaire permettent de reconstruire et d'etudier des modeles de structure 3d de molecules proteiques en solution a partir de donnees de resonance magnetique nucleaire. Des modeles de structure 3d d'un dodecapeptide de synthese complementant un mutant de la phosphoglycerate kinase ont ete resolus a partir de donnees d'effet nucleaire overhauser transfere. Ces modeles confortent l'hypothese de la complementation structurale du mutant. La modelisation du complexe solvate mutant/peptide a fait apparaitre des limites dans la capacite des champs de force a traiter les erreurs conformationnelles locales. L'etablissement de modeles de structure 3d de l'alpha-cobratoxine a ph neutre a permis d'etudier, a l'echelle atomique, les differences conformationnelles ph-dependantes de cette proteine. Le changement conformationnel entre les deux etats stables de la molecule a alors ete modelise par la methode de simulation de dynamique dirigee. Cette technique a permis de mettre en evidence les differents residus impliques dans la transition