Abstract FR:

Le travail presente dans cette these a consiste a developper des methodes pour l'analyse de la dynamique interne dans les molecules biologiques. Un protocole de simulation par dynamique moleculaire newtonienne en solution sur un oligonucleotide a ete mis au point et une simulation sur 200 ps a ete realisee et analysee. D'autre part, une analyse detaillee du mouvement de rotation d'une base est effectuee et d'importantes informations concernant ce mouvement et ses caracteristiques sont obtenues. Les grandeurs calculees (coefficients de diffusion, constantes de forces. . . ) sont en parfait accord avec les mesures experimentales. De meme, nous avons pu etablir par cette analyse le caractere brownien du mouvement de rotation analyse, et verifier les conditions d'application de cette methode. L'ouverture des paires de bases a donc pu etre etudiee par cette technique et les temps de vie correspondant ainsi que l'energie libre d'activation ont ete determines. Ils sont en parfait accord avec les donnees experimentales. Nous avons presente aussi une methode de calcul des coefficients de friction a partir d'une dynamique moleculaire. Ces coefficients sont alors utilises dans une simulation de dynamique stochastique qui a donne des resultats tres semblables a ceux d'une simulation de dynamique moleculaire en presence de l'eau tout en gagnant un facteur 10 sur le temps de calcul