Abstract FR:

Le virus de la diarrhee epidemique porcine (pedv) se multiplie dans les enterocytes et est responsable d'une enterite aigue, souvent fatale chez le porcelet nouveau-ne. Au debut de ce travail les informations disponibles sur sa constitution physico-chimique au debut de ce travail etaient tres fragmentaires mais permettaient de le considerer comme un membre probable de la famille des coronaviridae. Cependant, le pedv apparaissait comme une entite virale bien distincte du virus de la gastroenterite transmissible du porc (tgev) malgre le tropisme d'hote et de tissu identique de ces deux virus. La comparaison de l'information genetique du virus pedv et du virus tgev, egalement etudie au laboratoire, etait donc susceptible d'apporter des informations concernant le determinisme moleculaire de leur pouvoir enteropathogene. Les coronavirus sont des virus enveloppes dont le genome est constitue d'une arn de 30 kilobases, non segmente de polarite positive. Une banque d'adnc a ete etablie dans le phage lambda a partir d'arn polyadenyle extrait de cellules vero infectees par le pedv. Le criblage de cette banque a l'aide d'un serum hyperimmun a permis d'isoler un premier clone, a partir duquel d'autres clones ont pu etre selectionnes par criblages successifs de la banque en hybridation. Neuf clones d'adnc correspondant a l'extremite 3 du genome ont permis d'etablir une sequence continue de 7,4 kb. Cette sequence comprend l'ensemble des genes du pedv, a l'exception du gene de la polymerase. Ceux-ci sont exprimes par l'intermediaire de 5 arn subgenomiques, effectivement detectes dans les cellules infectees. Ces arns forment des sequences emboitees coterminales en 3, typique du mode de transcription des coronavirus. Quatre polypeptides predits a partir des orfs identifies presentent les caracteristiques des proteines structurales s, sm, m et n des coronavirus. Un seul orf situe entre les genes s et m et presentant un polymorphisme marque, code potentiellement pour un polypeptide non structural dont la fonction est inconnue. Une analyse comparative des sequences polypeptidiques a fait apparaitre que: 1) le virus pedv est phylogenetiquement apparente aux virus du groupe antigenique i (tgev, coronavirus felin et canin, fipv, ccv) et au virus respiratoire humain hcv 229e. 2) la proteine de nucleocapside n comporte une insertion de 40 aminoacides absente chez les autres coronavirus sequences. 3) le virus pedv est plus proche du virus respiratoire humain hcv 229 e que du virus enteritique porcin tgev. 4) cependant, la proteine de spicule s de pedv, comme celle du tgev, possede un domaine n-terminal absent dans le cas du hcv 229e. L'ensemble de ces resultats ont permis d'etablir d'un modele de l'organisation et de l'expression du genome du virus pedv et de proposer l'individualisation de deux sous-groupes genetiques majeurs au sein du genre coronavirus