Abstract FR:

Grace a la comparaison de paires de domaines homologues par la methode bidimensionnelle hydrophobic cluster analysis (hca), il est possible de distinguer deux populations d'acides amines hydrophobes. L'une presente une faible accessibilite moyenne au solvant, l'autre une accessibilite moyenne au solvant significativement plus elevee (anne poupon, dea de biomathematiques, 1994). Deux regions du cur des domaines globulaires peuvent ainsi etre distinguees. Pour confirmer cette propriete des domaines globulaires nous avons utilise des familles non redondantes de domaines homologues au lieu de paires. L'observation faite precedemment a ete tres largement confirmee par cette etude. D'autre part, l'etude de familles ayant un nombre important de membres (plus de 10) permet de montrer que l'on peut distinguer les deux categories d'acides amines precedemment citees en comparant entre elles les sequences d'un sous-ensemble relativement restreint de cette famille. D'autre part cette etude permet de montrer que le petit nombre de positions hydrophobes topologiquement conservees, que nous appellerons positions topohydrophobes, est caracteristique de la difference structurale entre les proteines de la famille. Ce critere est par ailleurs independant du taux d'identite en sequence entre les differentes proteines, ainsi que du r. M. S entre les structures correspondantes. Nous disposons ainsi d'un critere, determine a partir des seules sequences, et ne necessitant donc pas la connaissance des structures, permettant d'estimer une distance entre les structures de deux proteines. Les chaines laterales des acides amines en positions topohydrophobes sont moins dispersees que celles des autres acides amines, c'est-a-dire que d'une proteine a l'autre et pour une meme position, le centre de gravite de l'acide amine est peu deplace. On constate egalement que les positions topohydrophobes dans une meme famille sont proches les unes des autres, c'est-a-dire qu'elles se situent toutes dans le cur du domaine globulaire, celui-ci etant relativement restreint par rapport a la taille totale de la proteine. Cette methode peut etre appliquee en particulier a la modelisation par homologie comme nous le montrons sur l'exemple de la decarboxylase des acides amines l-aromatiques.