Abstract FR:

Ce travail traite de divers aspect de la methode hca. Premierement, nous avons explore, par modelisation par homologie, la compatibilite tridimensionnelle de la dimerisation du domaine de liaison a l'hormone des recepteurs nucleaires en fonction d'une nouvelle hypothese d'alignement hca avec la famille des inhibiteurs de protease a serine. Les modeles construits sont tres bien adaptes a la sous famille des recepteurs steroidiens, tant au niveau de la formation des dimeres que de la localisation des sites. Pour les recepteurs steroidiens, deux sites compatibles avec la geometrie des modeles et les marquages d'affinite peuvent etre proposes. Pour les recepteurs non steroidiens, la localisation de certaines donnees experimentales sur le modele suggere l'existence d'une interface de dimerisation alternative. Deuxiemement nous avons developpe des techniques destinees a automatiser l'alignement de sequences par hca. A cet effet nous ameliorons la correspondance entre les limites des clusters hydrophobes et les limites des structures secondaires regulieres. Nous avons egalement mis au point un codage de segments de sequence, sous forme de vecteurs, utilisant l'autocorrelation des profils de similarite par rapport aux differents types d'acides amines. Ce codage est evalue par son aptitude a classer les segments, sur une carte topologique de kohonen, en fonction de leur structuration secondaire. Finalement nous alignons, par programmation dynamique, des sequences de vecteurs correspondant aux segments delimites par les limites des structures secondaires vraies ou par les limites des clusters hca