Abstract FR:

Cette etude presente une comparaison des techniques et des resultats obtenus par deux methodologies (ecologie microbienne traditionnelle et biologie moleculaire) appliquees a la description de la structure et des activites metaboliques des microflores microbiennes dans un milieu argileux profond. Le but de mon travail etait d'evaluer dans quelle mesure l'utilisation de la seule methodologie moleculaire basee sur l'analyse des sequences des arn ribosomiques pouvait etre satisfaisante ou s'il fallait avoir recours a une combinaison appropriee des points forts respectifs des deux approches. Trois problematiques ont donc ete comparees: (i) les precisions respectives de ces methodes pour l'identification de bacteries fraichement prelevees dans l'environnement, (ii) leurs sensibilites pour la detection des bacteries d'un echantillon et (iii) leurs possibilites de predire le role de ces bacteries dans leur ecosysteme. La comparaison des identifications obtenues par les deux techniques sur la collection de souches isolees a clairement etabli la superiorite des techniques moleculaires pour l'obtention d'une identification taxonomique precise et fiable d'une bacterie. De plus, l'extreme sensibilite de l'amplification par pcr permet la detection de bacteries presentes en tres petit nombre. La majorite des bacteries de l'environnement etant presente sous une forme non cultivable, il semble evident que la recherche de l'ensemble des especes bacteriennes presentes dans un milieu nouveau doit etre faite en tout premier lieu a l'aide de methodes moleculaires. Cependant, la connaissance de la diversite bacterienne ne constitue qu'une etape preliminaire a la comprehension du role biologique de ces bacteries. Or, la base de reference des sequences d'arnr est loin d'etre complete. Par ailleurs, si une bacterie ne peut etre affiliee a un phenon connu (embranchement nouveau), la position taxonomique ne permet pas toujours la prediction du phenotype. Dans ce cas, les cultures bacteriennes restent donc indispensables pour la caracterisation des proprietes physiologiques et biochimiques ainsi que pour l'exploitation des potentialites genetiques de la bacterie. En conclusion, la combinaison de ces deux approches parait necessaire pour une description correcte du compartiment bacterien d'un ecosysteme