Abstract FR:

Des resultats contradictoires sont parfois observes lors de la comparaison de phylogenies obtenues a partir de differents ensembles de caracteres (moleculaires ou morphologiques). L'unicite de l'histoire evolutive necessite la levee de telles contradictions. Il a ete choisi de le faire d'une part en mettant au point des tests de robustesse et de fiabilite des arbres, d'autre part en affinant les hypotheses biologiques des modeles de construction. La premiere partie presente le logiciel must qui regroupe les outils informatiques developpes pour entreprendre une etude empirique de la robustesse des arbres. Une methode est proposee pour mesurer la saturation des substitutions; ceci permet de preciser les limites des methodes de distances. La methode du bootstrap s'est averee etre un bon outil pour quantifier l'impact du au changement de longueur de sequences, et par consequent pour reveler les instabilites dues au changement de l'echantillonnage d'especes. Une regionalisation dans l'arbre de l'impact des especes a ainsi pu etre mise en evidence; ceci, a, en particulier, permis de definir les conditions que devraient respecter un extra-groupe. Par ailleurs, une analyse des caracteres moleculaires a mis en evidence une autre regionalisation: ces derniers evoluent a un rythme particulier, rapidement ici et lentement la. Ceci prouve que les hypotheses classiques des modeles de construction d'arbres sont trop simplistes. L'algorithme d'une nouvelle methode de reconstruction phylogenetique integrant des le depart une ponderation locale des caracteres fondee sur leurs rythmes d'évolution est proposé