thesis

La reparation par excision de nucleotides : bases moleculaires de la modulation de son efficacite par le contexte de sequence

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Jan. 1, 1996

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Abstract FR:

Chez escherichia coli, la reparation par excision de nucleotides est assuree par l'excinuclease uvrabc. Cette enzyme est constituee par trois proteines uvra, uvrb, uvrc, qui agissent de maniere sequentielle. Des complexes specifiques uvra#2b-adn, uvrb-adn puis uvrbc-adn se forment successivement. Le complexe uvrb-adn est essentiel pour la discrimination entre les differents substrats. L'activite de l'excinuclease uvrabc sur une lesion donnee est influencee par le contexte de sequence. En effet, un oligonucleotide double-brins modifie a l'aaf (n-2-acetylaminofluorene) en position g#1 du site de restriction nar i (5'-g#1g#2cg#3cc-3'), note g#1-aaf, est bien incise (77%), celui modifie en position g#2 (g#2-aaf) est faiblement incise (12%) et l'incision du substrat modifie en position g#3 (g#3-aaf) est intermediaire (45%). Par des experiences d'empreinte a la dnase i, nous avons montre l'existence de deux populations de complexes uvrb-adn. La population formee de facon majoritaire avec le substrat g#2-aaf, notee uvrb-adn, est stable, mais incompetente pour l'incision, car non reconnue par uvrc. La population formee de facon majoritaire avec les substrats g#1-aaf et g#3-aaf, notee uvrb-adn', est instable et competente pour l'incision: les complexes uvrb-adn' sont reconnus par uvrc et les complexes uvrbc-adn formes sont actifs. Nous proposons qu'une reaction d'isomerisation convertit le complexe uvrb-adn en son isomere uvrb-adn'. La vitesse de cette reaction d'isomerisation serait dependante du contexte de sequence: elle serait rapide avec les substrats g#1-aaf et g#3-aaf et lente dans le cas du substrat g#2-aaf. Nous avons egalement montre que la vitesse de la reaction d'isomerisation est modulee par le surenroulement negatif de l'adn et par la presence d'une coupure simple-brin en 3' de la lesion. Ces deux parametres accelerent la reaction d'isomerisation, faisant ainsi disparaitre l'influence du contexte de sequence sur l'efficacite d'incision