Les populations de Dickeya pathogènes de la pomme de terre : lutte intégrée, structure et génomique des populations
Institution:
université Paris-SaclayDisciplines:
Directors:
Abstract EN:
In potato plant, Solanum tuberosum, the phytopathogens Pectobacterium and Dickeya are responsible for blackleg and soft rot diseases causing extensive damage in fields and also during storage of tubers. Apart from prophylaxis methods, no treatment permits to control these diseases. The FN3PT / inov3PT is carrying out various research projects in order to better understand these pathogens and to offer suitable treatments. The objective of this work was to study the genes essential to the bacterium D. solani RNS 08.23.3.1A during the different stages of the infectious cycle, namely the colonization of the rhizosphere, the maceration of the stems and the maceration of the tubers. For this, a Tn-seq approach was used, the robustness of which was evaluated by determining the essential genome of D. solani. The genes essential to the various conditions in vivo were then identified. Secondly, a screening of biostimulating molecules of the biocontrol agent Pseudomonas spp PA14H7 was carried out. This screening made it possible to identify different molecules metabolized by PA14H7. Greenhouse biostimulation tests were performed to validate the biostimulatory effect of these molecules on a population of biocontrol agents artificially introduced into the potato rhizosphere. The incidence on the disease has been observed. Then the antibiosis action of 6 previously identified biocontrol agents was evaluated in vitro against a panel of 41 pathogens of Pectobacterium and Dickeya.
Abstract FR:
Chez la pomme de terre, Solanum tuberosum, les phytopathogènes des genres Pectobacterium et Dickeya sont responsables de la maladie de la jambe noire et de la pourriture molle causant d’importants dommages dans les champs mais aussi lors du stockage des tubercules. En dehors des méthodes de prophylaxie, aucun traitement n’est à ce jour efficace pour lutter contre cette maladie. La FN3PT/inov3PT mène différents projets de recherche afin de mieux connaitre ces pathogènes et de proposer des traitements adaptés. L’objectif de ce travail a été d’étudier les gènes essentiels à la bactérie D. solani RNS 08.23.3.1A lors des différentes étapes du cycle infectieux à savoir la colonisation de la rhizosphère, la macération des tiges et la macération des tubercules. Pour cela, une approche Tn-seq a été utilisée, dont la robustesse a été évaluée en déterminant le génome essentiel de D. solani. Les gènes essentiels aux différentes conditions in vivo ont ensuite été identifiés. Dans un second temps, un criblage de molécules biostimulantes de l’agent de biocontrôle Pseudomonas spp PA14H7 a été réalisé. Ce criblage a permis d’identifier différentes molécules métabolisées par PA14H7. Des tests de biostimulations en serre ont été effectués afin de valider l’effet biostimulateur de ces molécules sur une population d’agents de biocontrole introduite artificiellement dans la rhizosphère de pomme de terre. L’incidence sur la maladie a été observée. Puis l’action d’antibiose, de 6 agents de biocontrôle précédemment identifiés, a été évaluée in vitro face à un panel de 41 pathogènes des genres Pectobacterium et Dickeya.