thesis

Dexifly : une base de données dédiée à l'étude fonctionnelle des gènes régulateurs de la mise en place de l'axe antéro-postérieur de l'embryon chez Drosophila melanogaster

Defense date:

Jan. 1, 1997

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Institution:

Aix-Marseille 2

Disciplines:

Authors:

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Abstract EN:

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Abstract FR:

Chez la drosophile, une centaine de genes regulateurs impliques dans la formation de l'axe antero-posterieur a ete caracterisee au niveau genetique, biochimique et moleculaire. Les donnees moleculaires et genetiques correspondantes sont accessibles via les bases de donnees telles que embl, swiss-prot et fly-base. Mais les donnees decrivant les profils d'expression des genes et les interactions moleculaires les impliquant n'ont fait l'objet d'aucune informatisation. Afin d'integrer cet ensemble heterogene de connaissances, notamment pour l'etude des cascades de regulation, nous avons cree une base de donnees specialisee appelee dexifly. Cette base rassemble differents types de donnees dont une partie a ete importee de bases de donnees existantes et l'autre partie decrivant les profils d'expression et les interactions moleculaires a ete saisie au laboratoire. Pour chaque type de donnees integrees dans la base, des fonctions permettent de saisir, de consulter, d'exporter, de rechercher, de comparer et d'interroger les informations. De plus, un outil de navigation entre les donnees ainsi qu'une fonction de recherche multi-criteres permettent d'utiliser la base dans son ensemble. Grace a un mode de representation schematique, la base permet de comparer un grand nombre de profils d'expression et de rechercher les genes co-exprimes dans une region definie de l'embryon. Les donnees decrivant les interactions moleculaires ont ete recensees et organisees au sein d'un format generique que nous avons defini. A partir de ces interactions, des voies de regulation theoriques peuvent etre generees et une etude de l'application de contraintes biologiques sur ces voies a ete amorcee. Enfin, une banque de donnees independante dediee aux interactions moleculaires a ete creee a partir de dexifly. Via le reseau internet, cette banque gif-db propose, en plus d'une compilation d'informations structurees, des references croisees vers embl, swiss-prot et flybase grace a des liens hypertexte