Recherche de déterminants moléculaires de pathogénicité du PVY (Potato virus Y) impliqués dans l'apparition des nécroses sur tubercules de pomme de terre et mise au points d'outils de diagnostic par PCR en temps réel
Institution:
Rennes, Agrocampus OuestDisciplines:
Directors:
Abstract EN:
Apvy (Potato virus Y, Potyviridae) in the most damaging virus on potato culture world-wide. Since the 90's PVY variants were reported presenting new pathotypes, notably inducing the apparition of potato tuber necrosis. The emergence of these variants triggered the need for some new specific and sensitive diagnostic tools designed for the characterisation of necrotic (PVYN) and non-necrotic (PVY0) strains. The localisation on the PVY genome of molecular determinants involved in necrosis symptoms allowed on the basis of these biological determinants, the set up of spectific tools for the detection of PVY necrotic isolates. Based on the use of a PVYN infectious clone and a PVY0 isolate, a reverse genetic strategy was used to produced a collection of recombinant PVY. The comparison of biological (on sensitive potato cultivars) and molecular properties (nucleotide sequences) of these viruses to some necrotic and non-necrotic reference viruses implicated the C-terminal region of the coding region of the HC-Pro protein (2 amino acids located in position 4OO and 419) in the apparition of hypersensitive-like and the tuber necrosis symptoms induced by PVYN isolates on potato plants. The polymorphism of these determinants observed between the genomes of necrotic and non-necrotic viruses, allowed the set up of new characterisation and diagnostic assays based on the used of real-time RT-PCR procedures (including TaqMan® probes). Due to their agrocnomic and economic implications these specific and sensitive detection tests were patented
Abstract FR:
Le virus Y de la pomme de terre (PVY, membre-type des Potyvirus), mondialement reconnu comme le plus dommageable sur les cultures de pomme de terre, est décrit comme particulièrement variable. L'émergence, il a 20 ans, de variants viraux PVYNTN responsables des nécroses sur les tubercules des plantes infectées, requiert le développement d'outils de diagnostic spécifiques permettant de mieux caractériser et différentier les virus non nécrogènes de ceux capables d'induire des nécroses sur hôte infecté. L'identification sur le génome viral du PVY de déterminants moléculaires de pathogénicité (nécroses sur pomme de terre) est préalable à l'élaboration d'un test de détection ciblant spécifiquement les variants nécrosants. Une étude par génétique inverse a permis de montrer que 2 acides aminés, situés dans la région C-terminale de la protéine HC-Pro (position 400 et 419) sont responsables à la fois de l'expression des symptômes de nécroses sur tubercules et de l'induction de symptômes de ce type hypersensibles sur le feuillage des plantes infectées. Sur la base du polymorphisme entre génomes viraux d'isolats nécrosants ou non-nécrosants, mis en évidence au niveau de ces déterminants des tests de caractérisation et de diagnostic par RT-PCR en temps réel utilisation des sondes spécifiques de type TaqMan® ont été développés. Ces nouveaux tests allient spécificité et sensibilité. Le caractère innovant et les implications agronomiques et économiques de ces techniques de détection ont justifié le dépôt d'un brevet.