La détermination in silico de la localisation des protéines chez les procaryotes
Institution:
Rennes 1Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
The functions of proteins are strongly related to their localization in cell compartments. In silico localization prediction is exposed to a double complexity, with the various targeting machinery and with the very large number of computational tools available. Therefore, we developed a comprehensive database (CoBaltDB), that retrieves and gathers all prediction results of 46 tools for 784 complete orfeomes. CoBaltDB allows users to build their own prediction with more confidence and reliability by the BOXes structure (logical entity gathering the tools that predict the same characteristic localization), the tools confrontation and by user-friendly interface. So the supervised learning bias is limitated. The proteins localization annotation have enabled to improve two fonctional ontologies of procaryotic detoxication system and to demonstrate the importance of the localization layer during comparative genomics studies.
Abstract FR:
La fonction d’une protéine et son impact sur le phénotype est étroitement corrélée à sa localisation cellulaire. La prédiction in silico de la localisation des protéines chez les procaryotes est soumise à une double complexité, celle des multiples machineries d’adressage cellulaire et celle de la multitude d’outils de prédiction disponibles. Le principal travail de cette thèse a consisté à développer une base de données (CoBaltDB) qui récupère et centralise les résultats de prédiction de 46 outils pour 784 orféomes complets. CoBaltDB permet aux utilisateurs de construire leur propre prédiction avec davantage de confiance et de fiabilité grâce à une structure en BOXes (entité logique regroupant les outils prédisant une même caractéristique de localisation), à la confrontation des outils et à des représentations graphiques ergonomiques. Le biais de la supervisation automatique est ainsi limité. L’annotation de la localisation des protéines a permis d’enrichir deux ontologies fonctionnelles du système de détoxication des procaryotes et de montrer l’importance de la localisation lors d’études de génomique comparative.