Phylogénie et identification des mycobactéries
Institution:
Lyon 1Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
MultiLocus Sequence Analysis (MLSA) is from now on an official recommendation for bacterial taxonomy and identification of new bacterial species. In this work we studied the Mycobacterium genus phylogeny by MLSA testing seven genes and the 125 species available. The prerequisite has been to complete our gene collection by sequencing three genes implicated in trans-translation. We wanted to prove their interest for bacterial identification methods based on a single gene sequence. In the MLSA study, two phylogenic reconstruction methods have been used: the first one based on sequence supermatrix and maximum likelihood algorithm and the second one based on SDM method, a supertree reconstruction tool that uses single gene trees. Another part of the work deals with genes evolving rates (ER). We noticed that the 7 genes studied evolve differently. We also noticed that the three genes involved in trans-translation were not forced to evolve the same way despite the intrinsic relationships that exist between proteins they encode. The final step of this work consisted on a MLSA test on clinical isolates of Mycobacterium in order to affirm their status of not yet described species. In this focus, we proposed criteria for an MLSA automatic bioinformatics tool and its use in bacterial identification and not only taxonomy
Abstract FR:
La méthode de la Multilocus Sequence Analysis (MLSA) fait désormais partie des recommandations pour identifier les nouvelles espèces bactériennes. Ce travail a consisté à reconstruire la phylogénie du genre Mycobacterium par la méthode de la MLSA et l’utilisation de 7 gènes. En pré requis 3 gènes impliqués dans la trans-traduction ont été séquencés et validés comme outil d’identification bactérienne basée sur la séquence d’un locus unique. Deux méthodes de reconstruction phylogénétique ont été utilisées, l’une utilisant une supermatrice de séquences et le maximum de vraisemblance, l’autre est un superarbre construit par la méthode SDM à partir des arbres individuels de chaque gène. Nous avons également travaillé sur les vitesses d’évolution des gènes et avons constaté que les gènes évoluaient à des vitesses différentes mais également que les trois gènes intervenant dans la trans-traduction, processus cellulaire impliquant des contacts multimoléculaires étroits, n’étaient pas pour autant contraints d’évoluer à la même vitesse. La dernière étape de ce travail a consisté en un test de la MLSA sur des isolats cliniques de Mycobacterium afin de prouver leur état d’espèce encore inconnue. Ce qui nous a permis de proposer des critères pour une automatisation de la MLSA et son utilisation dans l’identification bactérienne