Abstract FR:

La detection, voire l'identification, de bacteries dans l'air trouve une large application dans le domaine civil (diagnostic medical, surveillance de la qualite des aliments, de l'eau, de l'air ou du sol,) et militaire (defense biologique). L'objectif principal de cette these a ete, d'une part, d'etudier la diversite genetique de bacillus anthracis et, d'autre part, d'analyser la composition bacterienne de prelevements atmospheriques. L'identification precise de souches de b. Anthracis (etude de la diversite de cette espece bacterienne) repose, d'une part, sur une approche par typage de repetitions en tandem et, d'autre part, sur une approche par typage de mutations ponctuelles. Les resultats obtenus par ces deux methodes independantes sont en accord. Cependant, les repetitions en tandem apportent une bien meilleure resolution. L'etude de la composition bacterienne de l'air participe a la validation d'un systeme de detection. Celui-ci doit etre capable de caracteriser en moins d'une heure, la presence de quelques bacteries par litre d'air de l'environnement. Le protocole developpe ici permet de detecter 1 pg d'adn pur en moins de deux heures, sans faire appel a une etape d'amplification genique. L'analyse du bruit de fond atmospherique tire parti de ce protocole, a l'exception de quelques modifications qui permettent d'analyser un plus grand nombre d'echantillons. Les resultats de quatre collectes soulignent que le bruit de fond atmospherique peut varier de demi-heure en demi-heure. Le seuil de sensibilite de la methode est d'environ 100 bacteries par litre d'air.