Abstract FR:

Le genome de la levure saccharomyces cerevisiae est le premier genome eucaryote entierement sequence. L'acces a ces donnees offre de nouvelles perspectives concernant en particulier les approches intragenomiques de l'organisation et de l'evolution des sequences. Cependant, l'exploration de telles donnees, qui representent douze millions de bases reparties dans seize chromosomes, necessite de developper de nouvelles methodes d'analyse. Les approches deja existantes sont generalement basees sur l'aspect fonctionnel des sequences, au detriment de certaines parties des chromosomes pauvres en genes, telles que les regions subtelomeriques. Pour etudier ces regions marginales, nous avons adopte une strategie en trois etapes. La premiere etape consiste a detecter les duplications presentes dans ces regions, a l'aide du logiciel assirc. A partir d'une liste de motifs repetes, assirc recherche de facon systematique et exhaustive les paires de sequences similaires, en s'affranchissant de l'aspect fonctionnel des sequences. Afin d'integrer toutes les sequences subtelomeriques dans une analyse comparative multiple, la deuxieme etape a pour objectif de reunir les paires de sequences similaires en groupes et d'etudier leur repartition intra- et inter-subtelomeres. La troisieme etape est une analyse fine de certains groupes de sequences similaires a partir de leur alignement multiple. Pour cela, nous avons developpe le programme mosaic qui permet de segmenter l'alignement en zones evolutivement homogenes, d'apres l'apparition localisee d'un evenement majoritaire. Cette strategie a permis d'obtenir une base de sequences similaires plus complete qu'avec une methode standard, et de montrer que ces similitudes vont au-dela des sequences codantes. La comparaison des subtelomeres a revele les traces de certains rearrangements chromosomiques. Cette approche globale de l'evolution des subtelomeres est completee par l'analyse fine des similitudes montrant leur structure mosaique.