Abstract FR:

Les acanthomorpha constituent un tiers des especes de vertebres actuels. La phylogenie de ces teleosteens est tres peu connue est reste certainement l'un des chantiers majeurs de l'ichthyologie systematique de demain. Quatre genes ont ete sequences pour plus de 72 taxons. Les proprietes de chacun de ces genes ont ete evaluees. La strategie de leur analyse phylogenetique se fonde sur les avantages respectifs des analyses separees et simultanees. Nous tenons pour essentielles les analyses separees (sans consensus) afin d'evaluer la fiabilite des clades a travers leur repetitivite, et ceci quelle que soit leur robustesse statistique. D'autre part, l'arbre issu de l'analyse simultanee fournit la topologie sur laquelle l'histoire des caracteres pourra etre obtenue, et generalement une meilleure robustesse statistique. Deux nouvelles procedures ont ete mises au point afin d'interpreter la repetitivite des clades. L'analyse des composants repetes du bootstrap permet d'empecher un signal statistiquement fort mais non repete d'imposer sa topologie en analyse simultanee. Cette procedure est destinee a filtrer les consequences phylogenetiques des biais de composition affectant une partie des taxons dans un seul gene. L'analyse des core-groups et des clades de reference permet d'interpreter les repetitivites partielles (par exemple lorsqu'un taxon s'echappe de son clade dans un seul des arbres). Ces procedures ont permis d'identifier une partie des 11 nouveaux clades que nous avons pu detecter dans la radiation des acanthomorpha. L'une des questions qui nous interessait tout particulierement, identifier le groupe-frere des perciformes antarctiques notothenioidei, a pu recevoir une reponse. Il s'agit des percidae, ce qui represente un hiatus biogeographique et paleontologique important. Enfin, la phylogenie fine des notothenioides tardifs a ete precisee (familles des channichthyides, bathydraconides harpagiferides et artedidraconides).