Abstract FR:

Les travaux de cette these portent sur la comparaison d'outils moleculaires pour estimer la diversite genetique intra-population et la differenciation genetique entre populations sur un meme echantillonnage de populations. Nous avons pour cela utilise une approche par bibliographie (analyse des resultats d'articles comparant deux ou plusieurs types de marqueurs sur un ensemble de populations), une approche par simulation (modelisation d'un genome dans lequel on echantillonne des marqueurs de type aflp et de type microsatellite) et une approche experimentale (estimation de la diversite et de la differenciation a l'aide de marqueurs aflp et de microsatellites sur des populations de chenes sessile et pedoncule en melange et sur des populations de pin maritime de provenance landaise et de provenance corse). Les trois approches tendent a montrer que les marqueurs moleculaires sont generalement comparables dans la mesure de la differenciation entre populations. En revanche, les estimations de diversite intra-population par deux marqueurs ne sont que tres rarement a la fois positivement et significativement correlees. Nous avons cherche a expliquer cette absence generale de correlation entre mesures de diversite par deux marqueurs differents par voie de simulation. La premiere hypothese que nous avons emise pour expliquer ce resultat est qu'un faible nombre de locus est generalement utilise dans les etudes comparatives. Ce faible nombre de locus ne representerait pas l'heterogeneite du genome pour la diversite, d'ou l'absence de correlation entre les estimations de diversite. Nous montrons effectivement que la taille d'echantillonnage influe sur les correlations mesurees (correlation entre genome et marqueur et correlation entre deux types de marqueurs). Les resultats de simulation montrent egalement que l'augmentation du nombre de locus est particulierement necessaire lorsque l'heterogeneite du genome est forte. Cependant, si les populations ne sont pas a l'equilibre genetique et/ou si elles ne sont pas differenciees, les correlations entre marqueurs sont egalement faibles. Le travail de cette these contribue a montrer l'importance de l'echantillonnage intra-genome pour estimer les parametres de diversite en genetique des populations.