Étude systématique des domaines protéiques dans le cadre d'un projet de génomique structurale : application au cas de la protéine de levure Set1
Institution:
Paris 11Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
Structural biology study of modular proteins often requires the isolation of individual proteic domains. Three methods that allow the generation of isolated domains were developped and their systematic use within a structural genomics projects evaluated during this thesis. The methods leading to the best results was applied to yeast histone methyltransferase Set1. Two regulatory domains belonging to the RRM (RNA Recognition Motif) family were isolated and studied. One of them was cristallized and its three-dimensionnal structure solved. This domains doesn't harbour the typical features of RRM domains. Moreover, a C-Terminal helix is located on the region used to bind RNA molecules in conventionnal RRM domains. Thus, we propose that this domain is involved in mediating protein/protein interactions instead of protein/RNA interactions. Complementary mutagenic studies correlated with in vivo functionnal studies allowed to decipher the role of the two Set1 RRM domains in the modulation of the protein activity and the regulation of the transcription of different genes.
Abstract FR:
L'étude par biologie structurale de protéines modulaires requiert le plus souvent l'isolement des différents domaines qui composent les protéines. Trois méthodes permettant d'obtenir des domaines isolés ont été développées et leur application systématique dans le cadre d'un projet de génomique structurale évaluée durant la thèse. La méthode ayant produit les meilleurs résultats a été appliquée à l'histone méthyltransférase de levure Set1. Deux domaines régulateurs appartenant à la famille des domaines RRM (pour RNA Recognition Motif) ont pu ainsi être isolés et étudiés. L'un d'eux a été cristallisé et a vu sa structure tridimensionnelle résolue. Ce domaine ne comporte pas les éléments présents dans la plupart des domaines RRM. En outre, une hélice située en C-Terminal est positionnée sur la région qui lie les ARN dans les domaines RRM conventionnels. De fait, nous proposons que ce domaine agisse comme un médiateur d'interactions protéines/protéines plutôt que protéines/ARN. Des études complémentaires par mutagénèse corrélées avec des études fonctionnelles in vivo ont également permis de decouvrir l'influence des deux domaines RRM de Set1 sur l'activité de la protéine et leur effet sur la transcription de différent gènes.