Modélisation du processus d'annotation par une architecture blackboard
Institution:
Paris 6Disciplines:
Directors:
Abstract EN:
Because of the huge increase in sequencing projects of complete genomes, it is essential today to have powerful computer softwares able to help biologists towards a better use of analysis methods. This is particularly important because there exists many methods of analysis as well as a great amount of data. In order to solve this issue, we propose in this thesis to develop of a new bioinformatic model suitable for the annotation of complete genomes. From studying the "state of the art", we concluded that we could approach the modelisation of the annotation process of two different ways. This enabled us to propose a new model based on this analysis. We then decided to re-formalize the annotation process; it gave us the opportunity to propose an adequate software architecture in order to handle the process thus reformulated. The thesis is then a double contribution : it is both a modelisation of the annotation process, and a technical proposal based on a blackboard architecture.
Abstract FR:
Devant la multiplication des projets de séquençage de génomes complets, il est aujourd’hui essentiel de disposer d’outils informatiques performants capables d'aider l’utilisateur biologiste vers un meilleur usage des méthodes d’analyses. Ceci s’avère particulièrement important en raison des très nombreuses méthodes d’analyse disponibles ainsi que des grandes quantités de données concernées. Ce travail vise à apporter une contribution à cette problématique, par l’élaboration d’un modèle bio-informatique adapté à l’annotation de génomes complets. Avec l’étude de l’état de l’art, nous avons dégagé l’existence de deux approches différentes pour modéliser le processus d'annotation. Cette constatation nous a permis, dans un premier temps, de re-formaliser la démarche d’annotation de séquences génomiques. Puis, dans un second temps, de proposer une nouvelle architecture logicielle adéquate afin de traiter la question ainsi reformulée : l’architecture blackboard.