Abstract FR:

Ce travail de thèse s’est intéressé à déterminer au niveau moléculaire le site de modification de métalloprotéases à zinc matricielles (MMP) par une sonde de photo-affinité, incorporant comme groupement photo-activable un groupe azido. Grâce à la combinaison d’approches de séquençage d’Edman, d’études sur l’influence du pH et d’analyses par nano ou micro-HPLC couplée à la spectrométrie de masse, cette étude a pu montrer que cette sonde de photo-affinité modifiait de façon covalente a) le groupe  amino de la chaîne latérale d’un résidu lysine dans la MMP-12 (Lys241) et b) l’azote  du cycle imidazole du résidu His241 dans la MMP-3. Les rendements de photo-marquage élevés observés pour cette sonde vis-à-vis des MMP-12 et MMP-3 s’expliquent a) par un contexte structural et dynamique dans ces deux enzymes permettant le rapprochement dans l’espace des résidus ciblés par la sonde de photo-affinité et b) par le caractère nucléophile des résidus modifiés en position 241. Celui-ci variant entre les résidus présents en position 241 dans les MMP, cette étude permet aussi d’expliquer les différences de rendement de photo-marquage observées entre les différents membres de la famille des MMP. Cependant, outre la nucléophilie du résidu en position 241, l’étude de mutants de la MMP-12 en position 241 montre aussi l’importance de l’environnement du résidu qui sera modifié, ainsi que de ses propriétés structurales et dynamiques. Ce travail permet aujourd’hui de proposer la synthèse de nouvelles sondes de photo-affinité devant présenter des rendements de photo-marquage élevés et constants entre tous les membres de la famille des MMP. Cet objectif aura des applications importantes pour des travaux de protéomique fonctionnelle exploitant le marquage par sonde de photo-affinité pour faciliter l’analyse d’un sous-ensemble de protéines au sein de mélanges complexes.