thesis

Analyse transcriptomique des cancers de la vessie : application aux protéines Rab et partenaires

Defense date:

Jan. 1, 2011

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Institution:

Paris 6

Disciplines:

Abstract EN:

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Abstract FR:

Cette thèse présente deux études du cancer de vessie. La 1ère s’est intéressée à l’expression, au cours de la progression tumorale, de 61 protéines Rab et 223 partenaires. Un modèle à deux voies qui classe les tumeurs selon la présence (ou non) de mutation de FGFR3 a été utilisé. Le test SAM (Significance Analysis Microarray) a montré un total de 30 gènes sous-régulés et 13 gènes sur-régulés. LEPRE1, MICAL2, RAB23, STXBP1 et SYTL1 sont spécifiques des tumeurs T2-4 (FGFR3 wt). Un test binomial a montré que le cluster Rab27 (RAB27A/B et partenaires) était associé à ce cancer. Une 2ième étude s’est intéressée à l’expression des gènes de la puce Affymetrix HG U133 Plus. 2 au cours de la progression tumorale. Trois modèles ont été utilisés. Un modèle linéaire qui classe les tumeurs uniquement selon le stade, un modèle « FGFR3 » qui, en plus prend en compte la présence (ou non) de mutation de FGFR3, et un modèle « MRES » qui, en plus prend en compte la présence (ou non) du phénotype MRES (Multiple Regional Epigenetic Silencing). Une analyse comparative des résultats indique que les modèles à deux voies sont plus adaptés pour décrire cette pathologie et que les modèles à deux voies utilisés ici ne concordent pas