Abstract FR:

Longtemps considérée comme impossible du fait de leur divergence génétique, la recombinaison entre le VIH-11M pandémique et le VIII-1/0* endémique au Cameroun, a été rapportée à quatre reprises entre 1999 et 2010. Pour être générées, ces formes nécessitent au préalable des doubles infections M+0. De part son épidémiologie moléculaire, le Cameroun est caractérisé par la co-circulation de ces deux variants, ce qui peut donc favoriser les doubles infections VIH-1/M+0 et l'émergence des recombinants VIH-11MO. Une précédente étude de notre équipe a permis de détecter de nouvelles doubles infections et six formes recombinantes putatives, associées ou non à des doubles infections ; mais ces résultats présentaient certaines limites, en particulier épidémiologiques et techniques. Notre travail avait donc pour objectif de mieux caractériser ces doubles infections VIH-1/M+0 et recombinants VIH-1/M0 présentes au Cameroun, en estimant leur fréquence et en analysant leur profil génétique. De mars 2013 à juin 2015, 275 patients dépistés VIH-1 positifs au Centre Pasteur du Cameroun ont été inclus sur la base d'un test de sérotypage, permettant la discrimination des sérotypes M, O et M+0. Des analyses moléculaires spécifiques de groupe ont été ensuite réalisées dans les gènes pol et env, pour confirmer les réactivités sérologiques et rechercher des discordances pollenv, en faveur d'une forme recombinante. Devant un résultat évoquant une double infection M+0 et/ou la présence d'un recombinant MO, une forme recombinante putative a été recherchée par amplification d'une région couvrant le gène vpr, considéré comme possible point chaud de recombinaison. Les génomes complets de ces formes putatives ont ensuite été caractérisés, et les liens génétiques avec les recombinants déjà décrits, recherchés par analyses phylogénétiques. Parmi les 275 patients, 199 (72,4%) étaient mono-réactifs M, 47 (17,1%) mono-réactifs O, et 29 (10,5%) doublement réactifs M+0. Des doubles infections ont été confirmées moléculairement chez 4 patients (1,4%) et la présence de recombinants chez 3 patients (1,1%). Le premier recombinant, « isolé », a été identifié au sein d'un couple ; le second était associé à une forme parentale VIH-1/M. La caractérisation des génomes complets a permis de mettre en évidence des points de cassure au niveau du gène vpr et la région LTR pour le premier, et au niveau du gène vpu et la région LTR pour le second. Aucun lien n'a été identifié entre ces recombinants et les autres recombinants actuellement caractérisés. Les sous-types VIE1-1/M et les sous-groupes VIH-1/0 impliqués étant cohérents avec l'épidémiologie moléculaire au Cameroun, à savoir une majorité de VIH-1/M CRF02_AG et de VIII-1/0 sous-groupe H. L'origine géographique de ces sept patients était différente, et correspondait à cinq des régions administratives du Cameroun. Nos résultats ont permis d'identifier sept nouveaux cas de doubles infections VIH-l/M+0 et. /ou de formes recombinantes vill-umo. Bien qu'elles semblent persister à bas bruit, elles sont toutefois retrouvées dans différentes régions du Cameroun démontrant leur potentiel de diffusion. Ce travail a également permis de caractériser deux nouveaux génomes complets mettant en évidence des points de cassure dans vpr, vpu et les LTR. Ces nouvelles formes ne sont pas liées à celles précédemment décrites, soulignant ainsi la circulation de nombreuses URFs et la dynamique importante d'évolution par recombinaison entre les deux groupes. Il apparaît donc nécessaire de poursuivre la surveillance de diffusion des formes recombinantes MO, pour identifier l'éventuelle émergence d'une CRF_MO, pouvant présenter de meilleures propriétés virologiques et phénotypiques.