Abstract FR:

Depuis Darwin, la biologie évolutive accorde un rôle majeur à l'Arbre du vivant. La reconstruction de cette généalogie universelle qui révèle les relations naturelles des espèces devrait en effet permettre de comprendre nos origines et de classer l'ensemble de la biodiversité sous un schéma unique. Nos réflexions épistémologiques sur l'évolution récusent cependant cette perspective moniste et encouragent un renouvellement profond des objectifs et des pratiques phylogénétiques. Ainsi, l'histoire des classifications phylogénétiques indique que l'Arbre des espèces n'a pas été reconstruit de façon convaincante dans le cadre du paradigme classique. Qui plus est, alors que seuls les caractères moléculaires pourraient être suffisamment nombreux pour travailler à cette échelle évolutive, la découverte de l'hérédité latérale, essentielle chez les micro-organismes, empêche la correspondance entre les phylogénies de gènes et la phylogénie des espèces. Ce processus biologique met en doute l'existence et le sens d'un modèle universel hiérarchique inclusif des relations naturelles et un nombre croissant d'évolutionistes lui préfère désormais des schémas réticulés. Malheureusement, les méthodologies phylogénétiques actuelles, vérificationnistes et cohérentistes, ne permettent pas de tester ni d'établir la validité du paradigme traditionnel: à l'échelle du vivant, la phylogénétique est donc en crise. Pour s'en sortir, elle pourrait s'inspirer des travaux philosophiques sur le problème de l'espèce et de la philosophie des processus. La phylogénétique pourrait avantageusement devenir pluraliste: reconnaître que des modèles évolutifs différents et des représentations des relations différentes sont appropriées - et vraies - pour différents taxons ou pour différents buts.