Abstract FR:

La biologie des systèmes est souvent décrite comme une transformation profonde de la biologie et un rejet des approches réductionnistes de la biologie moléculaire. Cette thèse clarifie la nature de ces changements en revenant sur certaines questions centrales de la philosophie des sciences à la lumière de ces travaux scientifiques. II apparaît que la biologie des systèmes ne justifie pas une position anti-réductionniste forte. Toutefois, si elle poursuit le projet de la biologie moléculaire d' expliquer le vivant au niveau moléculaire, elle reconnaît la nécessité de recourir à des modèles formels pour rendre compte de l' émergence des phénomènes fonctionnels complexes et s'efforce de mieux intégrer les différents niveaux explicatifs. La manière dont ces nouveaux modèles complètent et étendent les explications mécanistes classiques est analysée. Une conception pragmatique de l' explication et de la réduction, seule capable de saisir la nature de ces progrès, est défendue. Ce travail montre que la biologie des systèmes, en mettant au jour des principes généraux d' organisation, a l' ambition de développer une biologie théorique qui évite en partie les problèmes qu'ont toujours connus les tentatives passées. Ces approches conduisent à de nouveaux modèles explicatifs qui enrichissent notre connaissance des contraintes pesant sur l'évolution des systèmes biologiques et permettent de trouver des principes communs derrière 1'immense diversité des mécanismes moléculaires.