thesis

Mathematical modeling of liver tumor

Defense date:

Jan. 1, 2012

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Institution:

Paris 6

Disciplines:

Authors:

Directors:

Abstract EN:

Comme d´emontr´e r´ecemment pour la r´eg´en´eration du foie apr`es un dommage caus´e parintoxication, l’organisation et les processus de croissance peuvent ˆetre syst´ematiquementanalys´es par un protocole d’exp´eriences, d’analyse d’images et de mod´elisation [43]. Lesauteurs de [43] ont quantitativement caract´eris´e l’architecture des lobules du foie, l’unit´eonctionnelle fondamentale qui constitue le foie, et en ont conc¸u un mod`ele math´ematiquecapable de pr´evoir un m´ecanisme jusqu’alors inconnu de division ordonn´ee des cellules. La pr´ediction du mod`ele fut ensuite valid´ee exp´erimentalement. Dans ce travail, nousetendons ce mod`ele `a l’´echelle de plusieurs lobules sur la base de r´esultats exp´erimentauxsur la carcinog´en`ese dans le foie [15]. Nous explorons les sc´enarios possibles pouvantexpliquer les diff´erents phenotypes de tumeurs observ´es dans la souris. Notre mod`elerepr´esente les h´epatocytes, principal type de cellule dans le foie, comme des unit´es individuelsavec un mod`ele `a base d’agents centr´e sur les cellules et le syst`eme vasculaire estrepresent´e comme un r´eseau d’objets extensibles. L’´equation de Langevin qui mod´elisele mouvement des objets est calcul´ee par une discr´etisation explicite. Les int´eractionsm´ecaniques entre cellules sont mod´elis´ees avec la force de Hertz ou de JKR. Le mod`eleest param´etr´e avec des valeurs mesurables `a l’´echelle de la cellule ou du tissue et sesr´esultats sont directement compar´es avec les r´esultats exp´erimentaux. Dans une premi`ere ´etape fondamentale, nous ´etudions si les voies de transduction dusignal de Wnt et Ras peuvent expliquer les observations de [15] o`u une proliferation instantann´ee dans les souris mut´ees est observ´ee seulement si 70% des h´epatocytes sontd´epourvues d’APC. Dans une deuxi`eme ´etape, nous pr´esentons une analyse de sensibilite du mod`ele sur la rigidit´e de la vasculature et nous la mettons en relation avec unphenotype de tumeur (observ´e exp´erimentalement) o`u les cellules tumorales sont biendiff´erenti´ees. Nous int´egrons ensuite dans une troisi`eme ´etape la destruction de la vasculaturepar les cellules tumorales et nous la mettons en relation avec un autre ph´enotypeobserv´e exp´erimentalement caract´eris´e par l’absence de vaisseaux sanguins. Enfin, dansla derni`ere ´etape de notre ´etude nous montrons que des effets qui sont d´etectables dans lespetits nodules tumoraux et qui refl`etent les propri´et´es des cellules tumorales, ne sont pluspr´esents dans la forme ou dans le phenotype des tumeurs d’une taille exc´edant la moiti´ede celle d’un lobule.

Abstract FR:

As recently demonstrated for liver regeneration after drug-induced damage, organizationand growth processes can be systematically analyzed by a process chain of experiments,image analysis and modeling [43]. The authors of [43] were able to quantitatively characterizethe architecture of liver lobules, the repetitive functional building blocks of liver,and turn this into a quantitative mathematical model capable to predict a previously unrecognizedorder mechanism. The model prediction could subsequently be experimentallyvalidated. Here, we extend this model to the multi-lobular scale, guided by experimentalfindings on carcinogenesis in liver [15]. We explore the possible scenarios leading to the different tumor phenotypes experimentally observed in mouse. Our model considersthe hepatocytes, the main cell type in liver, as individual units with a single cell basedmodel and the blood vessel system as a network of extensible objects. Model motion iscomputed based on explicit discretized Langevin equation and cell interactions are eitherHertz or JKR forces. The model is parameterized by measurable values on the cell andtissue scale and its results are directly compared to the experimental findings. In a fundamental first step we study if Wnt and Ras signaling pathways can explainthe observation of [15], that instantaneous proliferation in mutated mice can only be observedif around 70% of the hepatocytes become APC depleted. In a second step, weshow a sensitivity analysis of the model on the vessel stiffness and relate it to a tumorphenotype (experimentally observed) where the tumor cells are well differentiated. Weintegrate in a third step the destruction of vasculature by tumor cells to relate it to anotherexperimentallyobserved tumor phenotype characterized by the absence of blood vessels. Finally, in the last step we show that effects that are detectible for small tumor nodulesand reflect properties of the tumor cells, are not reflected in the tumor shape or phenotypeat tumor sizes exceeding half of the lobule size.