Élaboration d'une base de paramètres de la fonction énergie potentielle empirique de saccharides en vue de son utilisation en mécanique moléculaire et dynamique moléculaire de glycannes
Institution:
Lille 1Disciplines:
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Abstract EN:
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Abstract FR:
La seule connaissance de la structure primaire d'oligosaccharides et de glucannes n'est pas suffisante pour comprendre leur mécanisme d'action. En effet, comme le montrent la modélisation et la dynamique moléculaire de la partie glycannique d'une transferrine (un glycanne biantenne monofucosyle disialyle de type lactosaminique) la flexibilité et l'adaptabilité conformationnelle doivent être prises en ligne de compte. Cependant, les paramètres de la fonction énergie potentielle empirique utilisés ne sont pas spécifiques des saccharides et la détermination de tels paramètres s'est avérée indispensable. Utilisant une fonction potentielle urey-bradley-shimanouchi modifiée, les paramètres sont déduits de la comparaison entre données spectroscopiques (infrarouge et raman) et les modes normaux de vibration des formes anomères du glucose, de trois méthyl-monosaccharides et de six disaccharides présentant les différentes positions et configurations de la liaison glycosidique