Abstract FR:

Les systèmes envisagés par les sciences du vivant (génétique, agronomie, écologie etc. ) sont pour la plupart des systèmes complexes constitués d'un grand nombre d'entités en interaction, dont le comportement et l'évolution ne peuvent pas être appréhendés par un observateur unique. A partir des années 1960, l'apparition de l'informatique permet de capitaliser les savoirs recueillis sous la forme de programmes. L'intérêt de ces programmes a rapidement été reconnu dans les domaines de l'extrapolation et de la prédiction. Au début des années 1980, l'idée d'accéder à d'autres savoirs par voie d'assemblage de programmes a donné naissance aux plateformes logicielles. De telles constructions visent à permettre à une équipe de recherche d'accéder à des savoirs pluridisciplinaires par association de programmes élaborés par d'autres équipes, travaillant sur d'autres objets et dans d'autres domaines. L'enjeu actuel de telles plateformes logicielles est de répondre aux nouvelles questions posées par le Développement Durable impliquant durabilité écologique, viabilité économique et équité sociale. En appui à la construction des plateformes logicielles, les informaticiens ont développé des supports génériques d'assemblage de programmes. Le champ de recherche ouvert par les plateformes est celui de l'étude de langages permettant d'associer des programmes établis au moyen d'autres langages. En termes de sémantique (signification), l'assemblage de programmes pose la question de la cohérence de leur juxtaposition. Les programmes étant développés selon des langages particuliers, cette cohérence s'analyse aux deux niveaux syntaxiques et sémantiques. Par ailleurs, l'utilisation d'un langage préétabli, dévolu à l'assemblage, pose la question du rôle de sa syntaxe sur les possibilités de composition des programmes et par conséquent celle de la sémantique véhiculée par cette syntaxe. La thèse traite de questions sémantiques générées par l'assemblage. L'hypothèse sous-jacente au travail, est que le langage d'assemblage constitue une interface sémantique entre les programmes. Pour notre étude, nous avons mis au point une trame d'analyse originale établie sur la base de travaux en cybernétique, ingénierie logicielle et intelligence artificielle. La trame considère les niveaux morphologiques, syntaxiques et sémantiques des langages d'assemblage. Trois supports génériques d'assemblage (MODCOM, OpenMI, et VLE) et trois plateformes logicielles agronomiques (APES, DSSAT, et SEAMLESS-IF) ont été analysées (chapitre A). Au travers de l'analyse, nous montrons que les règles syntaxiques inhérentes aux langages d'assemblages limitent l'aptitude de ceux-ci à représenter certains systèmes complexes. Nous montrons aussi que l'efficience des métadonnées et ontologies, destinées à faire coïncider les entrées / sorties, dépend de la sémantique du vocabulaire employé dans les programmes. Pour accéder à cette sémantique, nous partons de l'hypothèse que c'est la description du contenu du programme qui permet de construire le vocabulaire. Pour ce faire, nous proposons un modèle de description, établi à partir de la linguistique pragmatique et de travaux en morphosyntaxe (chapitre B). L'interrogation partielle en mode direct permet de conférer une structure de description basée sur les sept pronoms et adverbes que propose la langue française. A chacun de ces pronoms et adverbes interrogatifs, nous associons une typologie de réponses à partir de la bibliographie en linguistique. L'organisation de ces typologies, selon le principe d'incidence, nous permet d'établir une structure formelle de description. Dans le chapitre C, nous discutons de l'utilisation d'un formalisme de réseau sémantique existant (graphes conceptuels) comme support d'implémentation du modèle de description et l'intérêt du travail est illustré. En conclusion, nous statuons sur nos apports en regard des questions posées et livrons des questions de recherche en perspective à ce travail