thesis

Algorithmique parallèle et calcul haute performance dédiés à la simulation d'un système hôte-macroparasite

Defense date:

Jan. 1, 2002

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Institution:

Bordeaux 1

Disciplines:

Authors:

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Abstract FR:

Ce travail contribue à un modèle déterministe discret d'un système hôte-macroparasite et propose un modèle stochastique équivalent. Une application du modèle consiste en l'étude quantitative du système Bar-Diplectanum Aequans à l'aide de deux simulateurs parallèles. Une étude algorithmique détaillée est donnée pour le simulateur déterministe. L'extensibilité de très bonne qualité est évaluée théoriquement et testée. Une utilisation optimisée des mémoires caches permet d'atteindre 60 % de la puissance crête au coeur des calculs. Les temps d'exécution sont réduits et la précision des calculs améliorée, ce qui permet de reproduire des dynamiques observées sur le terrain. Le second simulateur utilise une méthode de type Monte Carlo. On donne les performances associées à une programmation hybride sur une grappe de noeuds SMP. L'étude quantitative effectuée sur les résultats des simulateurs donne un éclairage nouveau sur l'interaction des mécanismes des systèmes hôte-macroparasite.