Abstract FR:

Cette thèse dans le domaine de la bio-informatique porte sur la représentation et la confrontation des données biologiques. La disponibilité d'un nombre croissant de génomes complets et l'accumulation de résultats expérimentaux produits par des apprcohes post-séquençage à l'échelle de la cellule et à haut débit doivent permettre de mieux comprendre l'articulation entre les mécanismes moléculaires et les fonctions cellulaires. L'intégration de ces données volumineuses et hétérogènes permettra de progresser vers une meilleure connaissance du fonctionnement de la cellule. Nous présentons un cadre formel pour la présentation de ces données permettant leur intégration à l'échelle de la cellule en vue de leur confrontation et de leur recoupement afin d'établir des correspondances nouvelles entre les données. Notre approche repose sur la généralisation du concept de voisinage entre les objets biologiques et sa représentation en ensembles partiellement ordonnés. Nous définissons une mesure de similarité entre les ensemble qui nous permet de confronter des données hétérogènes en recherchant des ensembles similaires entre les ensembles composant différents voisinages. La mise en oeuvre de ces concepts est illustrée avec la conception du système BlastSets grâce auquel des résultats biologiques préliminaires ont permis de valider l'approche.